Восьмой практикум

Сигнал

Название сигнала. CpG-островки (CpG islands)

Носитель сигнала. Молекула ДНК, а именно цитозин в CpG динуклеотиде в промоторной области гена.

Кому адресован. Метил-CpG-связывающие доменные белки (MBD-белки): такие как MeCP2, MBD1, MBD2, MBD4.

Предназначение — как должен реагировать адресат. Подавление (репрессия) транскрипции гена.

MBD-белки связываются с метилированными CpG-сайтами, затем эти белки привлекают другие белки, например белки, модифицирующие гистоны. Далее модифицированные гистоны приводят к плотному упаковыванию ДНК, что приводит к подавлению транскрипции.

Сила сигнала. Вероятно, чем больше метилированных CpG-сайтов, тем больше привлекается MBD-белков, что приводит к модификации большего числа гистонов, что быстрее приводит к уплотнению ДНК, тем самым к подавлению транскрипции.

Литература.

Dirk Schübeler, 2015, Function and information content of DNA methylation. doi: 10.1038/nature14192.

Adrian Bird, 2002, DNA methylation patterns and epigenetic memory. doi: 10.1101/gad.947102.

Сервис: MethBank

Сервис, где есть различные данные о метилированных участках ДНК в различных стадиях онтогенеза, в том числе при различных заболеваниях. Я например нашел проект по детям с расщеленной губы и неба.

Как видно, тут можно увидеть название пробы, описание, номер проекта (в данном случае все 7 проб из одного), id пробы, вид из которого была взята проба, из какой ткани, качество и позволяет увидеть все CpG-сайты.

В описании можно увидеть из какой хромосомы сайт, с какой цепи, координаты сайтов, длина, число повторов, уровень метилированния, локация и id гена.