Филогенетические деревья, реконструированные разными способами
Название белка
Идентификатор Pfam
Положение в последовательности
DUT_HUMAN
PF00692
121-250
DUT_ORFN2
PF00692
16-145
DUT_VACCP
PF00692
17-145
DUT_LYCES
PF00692
39-168
DUT_YEAST
PF00692
16-146
в файле UPGMA.xls лежат матрицы "наивных" эволюционных растояний. На их основе была построена скобочная структура:((((DUT_HUMAN:16.5,DUT_ORFN2:16.5):3.5,DUT_VACCP:20):1.625,DUT_LYCES:21.625):3.875,DUT_YEAST:25.5);.
картинка,полученная программой drawtree(справа), представляет "звезду", а полученный с помощью drawgram(слева)-дерево с последовательно ответвляющимися ветвями.
лучше-c помощью drawgram, так как наглядно видно, кто от кого произошёл, и когда это было.
от гипотетической общей предковой последовательности произошли последовательности А и DUT_YEAST; от последовательности A произошли последовательности B и DUT_LYCES; от последовательности B произошли последовательности C и DUT_VACCP; от последовательности С-последовательности DUT_HUMAN и DUT_ORNF2.
далее построили дерево по методу ближайших соседей.
сравнивая их между собой можно сказать, что на правом рисунке изображено намного нагляднее,какая последовательность откуда появляется и в какие временные рамки.
от гипотетической общей предковой последовательности произошли последовательности A,B,C. От посл-ти А произошли посл-ти DUT_HUMAN и DUT_VACCP, причём DUT_HUMAN произошла раньше. От B произошла посл-ть DUT_RORFN2. От C-посл-ти DUT_LYCES и DUT_YEAST, причём DUT_LYCES раньше.
