Программы построения выравниваний
Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов): веса выравниваний равны; идентичность и длина выравниваний двух последовательностей практически совпадают. Это обуславливается гомологичностью этих последовательностей. Также при использовании программы water нету гэпов и идентичность больше, а в needle немного гэпов и идентичность поменьше. Результаты находятся в файлах 1to2.needle и 1to2.water.
Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки:
- Needle и water: веса выравниваний равны(так как в обоих случаях мы берём те же последовательности),а вот процент идентичности различаются(так как в глобальном выравнивание мы сравниваем искусственную последовательность с целой последовательностью DCD_Ecoli, а в локадльном лишь с куском). Причём при использовании программы water получилось меньшее количество гэпов, что связано с алгоритмами программ. Результаты в файлах 1to3.needle и 1to3.water.
- Мatcher: получаются 3 кусочка(локальные выравнивания) из выравнивания последовательностей с лучшими весами. Причём 2 из них получились полностью идентичны, а одно на 42%, при этом ни в одном локальном выравнивании не было гэпов. Это связано с высоким штрафом за гэпы-14 и с относительно низким за несовпадение-4. Результаты в 1to3.matcher.
Параметры программ построения выравниваний:при помощи программы needle строились выравнивания с различными штрафами за открытие гэпа. При этом чем больше штраф за открытие гэпа, тем меньше вес выравнивания. Причём при уменьшении штрафа за открытие гэпа относительно немного увеличивалась идентичность. Результаты в файлах 1to3_10_1.needle, 1to3_5_1.needle, 1to3_1_1.needle.
Карта локального сходства: размер окна определяет длину выравнивания, а порог сумарный вес- минимальный вес выравнивания, то есть выравнивания с меньшим весом не отображаются(значит чем меньше порог на суммарный вес, тем больше кусков с выравниваниями будет). Результаты в файлах dotmatcher.ps и dotmatcher100.ps.
©Дёмин Олег