Работа с программой BLAST
Поиск белка по его последовательности:
- Банк swissprot: Порядковый номер- 1, Score= 390 бит (1002), E-Value= 1e-108
- Банк pdb: pdb-код:1xs1, цепь А, Score= 390 бит(1002), E-Value= 1e-108, Query: 1- 193, Subject: 1- 193, Identity=100%. В итоге по pdb-коду и последовательности были найдены сам белок или его гомологи.
Поиск белка по его гомологу:dcd_ecoli под четвёртым номером, Score= 355 бит(910), E-Value= 6e-98, Query: 10- 202, Subject: 1- 193, Identity=100%. Не является, так как последовательность найденного белка короче, чем входящего. Чтобы найти его нужно выбрать другой банк данных.
Поиск белка по фрагментам его последовательности: dcd_ecoli под номером 3, Score= 27.7 бит(60), E-Value= 7, Identity=100%, Query: 1- 11, Subject: 7- 17. Входная последовательность являлась куском из последовательности dcd_ecoli, поэтому идентичность составила 100%.
©Дёмин Олег