на главную страницу

PSI-BLAST

Оба поиска были проведены с параметрами:учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) -без;фильтрование областей низкой сложности -есть;максимальное значение E-value -10;Максимальное количество находок (Number of Descriptions )-1000.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	% идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5e-82	LGB1_LUPLU	100%	154
В бактериях (Bacteria)	36	1e-06	HMP_RHIME	29%	117
В Escherichia coli K-12	0
В животных(Metazoa)	26	2e-06	NGB_BRARE	25%	141
В человеке	3	5.8	CRNL1_HUMAN	28%	78

Обнаружено 3 плохих находки у человека, но ни одного у кишечной палочки.

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
	Бактерии		Животные		Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	36	21(+)	26	5(+)					CRNL1_HUMAN	5.8	28%	78
2	38	17(+)	332	327(+)	HMP_ECOLI	1e-29	20%	148	NGB_HUMAN	2e-19	21%	143
3	38	0(-)	879	547(+)	HMP_ECOLI	6e-28	20%	148	HBG2_HUMAN	8e-45	18%	150
4	38	-	884	5(+)	HMP_ECOLI	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-54	17%	154
5	38	-	884	0(-)	HMP_ECOLI	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-54	17%	154

Ответы на вопросы:

PSI-BLAST используется для нахождения дальних гомологов. Так как blastp показывает только ближайших гомологов, то PSI-BLAST является нужной программой.

первая итерация действует как blastp, т.е. онаи аналогичны.

по результатам упражнения 2 мы смогли найти много новых гомологов с помощью программы PSI-BLAST.

так как с каждой итерацией появлялось всё больше и больше гомологов, то "лучшие находки" менялись. Но в 4-5 итерациях(а иногда и раньше) "лучшая находка" не менялась, так как появившиеся новые гомологи являлись очень далёкими.