на главную страницу

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

  • Фрагмент из эталонного выравнивания взятого из SMART. То есть выбирался домен из dcd_ecoli и строилось выравние доменов,гомологичных ему:
                                                                                                                                             
                                                *                 2 0                   *                 4 0                   *            
    D U T _ H U M A N _   :   L F N F G K E K F E V K K G D R I A Q L I C E R I F Y - P E I E E V Q A L D D T E R G S G G F G S T G   :   5 0
    D U T _ O R F N 2 _   :   L F N F G N S D F E V K K G D R I A Q L I C E R I S C - P A V Q E V N C L D N T D R G D S G F G S T G   :   5 0
    D U T _ V A C C P _   :   L I N N G K C T F N V N T G D R I A Q L I Y Q R I Y Y - P E L E E V Q S L D S T N R G D Q G F G S T G   :   5 0
    D U T _ L Y C E S _   :   L F N H S E V D F E V K V G D R I A Q L I V Q K I V T - P E V E Q V D D L D S T V R G S G G F G S T G   :   5 0
    D U T _ Y E A S T _   :   L F N H S Q R D F A I K K G D R V A Q L I L E K I V D D A Q I V V V D S L E E S A R G A G G F G S T G   :   5 1
                              L f N           F   6 k   G D R 6 A Q L I   2 4 I       p   6     V     L d   3   R G     G F G S T G          
  • выравнивание с помощью clustalw:
                                                                                                                                                       
                              *               1 8 0                   *               2 0 0                   *               2 2 0                    
    D U T _ H U M A N   :   R V A P R S G L A A K H F I D V G A G V I D E D Y R G N V G V V L F N F G K E K F E V K K G D R I A Q L I C E R   :   2 2 4
    D U T _ V A C C P   :   R I A P R S G L S L K G - I D I G G G V I D E D Y R G N I G V I L I N N G K C T F N V N T G D R I A Q L I Y Q R   :   1 1 9
    D U T _ O R F N 2   :   R I A P R S G L A V K H F I D V G A G V I D E D Y R G N V G V V L F N F G N S D F E V K K G D R I A Q L I C E R   :   1 1 9
    D U T _ L Y C E S   :   R I A P R S G L A W K Y S I D V G A G V I D A D Y R G P V G V V L F N H S E V D F E V K V G D R I A Q L I V Q K   :   1 4 2
    D U T _ Y E A S T   :   R I A P R S G L A V K N G I Q T G A G V V D R D Y T G E V K V V L F N H S Q R D F A I K K G D R V A Q L I L E K   :   1 1 9
                            R 6 A P R S G L a   K     I d   G a G V 6 D   D Y r G   6 g V 6 L f N           F   6 k   G D R 6 A Q L I   2 4            
                                                                                                                         
                                      *               2 4 0                   *               2 6 0                      
    D U T _ H U M A N   :   I F Y P - E I E E V Q A L D D T E R G S G G F G S T G K N - - - - - - - - - - - -   :   2 5 2
    D U T _ V A C C P   :   I Y Y P - E L E E V Q S L D S T N R G D Q G F G S T G L R - - - - - - - - - - - -   :   1 4 7
    D U T _ O R F N 2   :   I S C P - A V Q E V N C L D N T D R G D S G F G S T G S G A C G G R D T A W Y I S   :   1 5 9
    D U T _ L Y C E S   :   I V T P - E V E Q V D D L D S T V R G S G G F G S T G V - - - - - - - - - - - - -   :   1 6 9
    D U T _ Y E A S T   :   I V D D A Q I V V V D S L E E S A R G A G G F G S T G N - - - - - - - - - - - - -   :   1 4 7
                            I     p     6     V     L d   3   R G     G F G S T G                                        
  • Результаты: число колонок во фрагменте из SMART равно 51; а колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf 49. То есть сходство получается 96,08%. Это обуславливается тем, что последовательности DUT_HUMAN, DUT_VACCP, DUT_ORFNS, DUT_LYCES, DUT_YEAST очевидно являются близкородственным.
    ©Дёмин Олег