на главную страницу

Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей

>fragment.msf
           1             15 
DCD_BUCAI  GSLVLCSTFE SIKMP    
DCD_SHEON  GELALAVTYE SVTLP    
DCD_HAEIN  GTLALATTLE SVKLP    
DCD_ECOLI  GELALAVTLE SVTLP    
DCD_PHOLL  GELALAVTLE SVTLP

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	GELALAVTLESVTLP	5	нет
Сильный	G-[SET]-L-[VA]-L-[CA]-[SVT]-T-[FYL]-ES-[IV]-[KT]-[ML]-P	12	да
Слабый	G-X-L-X-L-X(2)-T-X-ES-X(3)-P	14	да

Был выбран фрагмент из выравнивания 5 белков: DCD_Bucai, DCD_Sheon, DCD_Ecoli, DCD_Pholl, DCD_Haein. И по этому выравниванию было сделано три паттерна. Далее провели поиск последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждому из полученных паттернов. Интересно что при любом паттерне было найдено три штамма E.coli(включая DCD_Ecoli).