на главную страницу

Функции. Онтологии GO.

  • Поиск нужного термина в словарях GO:заданное описание локализации-хромосома, выбранный термин GO и его идентификатор-chromosome ; GO:0005694,название онтологии GO и его перевод на русский-cellular component(клеточный компонент),определение термина-структура, состоящая из очень длинной молекулы днк и связанных с ней белков(гистонов),которая отвечает за хранение наследственной информации.

    Описание функции конкретного белка с помощью GOA

  • AC UniProt заданного белка:P28248.
      Онтология GO (имя) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
    Где? component 0  
    Зачем, для чего? process 4 процесс биосинтеза dUTP, метаболизм нуклеотидов, биосинтез пиримидиновых рибонуклеотидов.
    Молекулярный механизм? function 5 dCTP деаминазная активность, гидролазная активность.
    Специфичность? function 1 белковое связывание(т.к. связывание может быть с определенными белками, что является специфичным свойством для конкретного белка)
  • поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS. Протеом Plasmodium falciparum. Результаты поиска в UniProt, 21.03.2007 г.
      Количество записей Запрос
    Всего 11882 (([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*])
    С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 3658 ((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:GO F: C: P:*]))
    В том числе в хромосоме 16 ((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*chromosome*]) | [uniprot-DBxref_:GO F: P: C:*chromosome*]))
    В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) 0 (((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:C:*chromosome*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:GO C:*chromosome P: F:*])) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:IC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*]))
    В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) 0 (((([uniprot-Organism:Plasmodium*] & [uniprot-Organism:falciparum*]) | [uniprot-Organism:Plasmodium falciparum*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:C:*chromosome*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) | [uniprot-DBxref_:GO C:*chromosome P: F:*])) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]))
  • Исходя из полученных данных можно сказать, что Plasmodium falciparum не очень хорошо изучен,т.к. нет ни одной записи с самыми хорошими доказательствами функции. Также можно отметить,что записей с идентификаторами всех 3-х онтологий GO более четверти от всех.

    Дополнительные упражнения

    Описание связей между терминами в онтологиях GO


    Была открыта страничка GOA со списком всех терминов GO, ассоциированным с AC UniProt P28248. Далее выделены все термины и выполнена команда .
  • был найден пример термина, имеющего связи более, чем с 2-мя родительскими терминами:

    Термин cellular metabolic process(клеточные метаболические процессы) относится и к metabolic process(метаболические процессы) и к cellular process(клеточные процессы).
  • Был найден пример связи типа "is a":

    Термины hydrolase activity(гидролазная активность) и deaminase activity(деаминазная активность) являются catalytic activity(каталитическая активность), то есть "hydrolase activity is a cаtalytic activity" - "гидролазная активность - это каталитическая активность".
  • Был найден пример связи типа "part of":

    Термины biological process(биологический процесс) и molecular function(молекулярная функция) являются частью("part of") Gene Ontology(генная онтология).
    То есть связь "is_a" -это простая связь класс-подкласс, т.е. если "A is B", это значит,что A это подкласс B(например nuclear chromosome is_a chromosome). Связь "part_of" более сложная; "C part of D" означает, что если С представлено, то оно всегда часть D, но С не всегда представлено. Например, "nucleus part of cell", значит что ядро всегда является частью клетки, но не всегда в клетке есть ядро.
    ©Дёмин Олег