на главную страницу

Филогенетические деревья

  • скобочная структура моего дерева-(((А:50,В:50):5,С:55):45,((D:45,Е:45):15,F:70):30 ); рисунок дерева в tree.gif
  • Разбиение ветвей: 
    ABCDEF
**....
***...
***..*
  • Длина гена:582 Формула персчёта: (l/100)*L,l-длина ветви,L-длина последовательности Скрипт: 
    msbar dcd.fasta ABC.fasta -point 4 -count 262 -auto
msbar ABC.fasta C.fasta -point 4 -count 320 -auto
msbar ABC.fasta AB.fasta -point 4 -count 29 -auto
msbar AB.fasta A.fasta -point 4 -count 291 -auto
msbar AB.fasta B.fasta -point 4 -count 291 -auto
msbar dcd.fasta DEF.fasta -point 4 -count 175 -auto
msbar DEF.fasta F.fasta -point 4 -count 407 -auto
msbar DEF.fasta DE.fasta -point 4 -count 87 -auto
msbar DE.fasta D.fasta -point 4 -count 262 -auto
msbar DE.fasta E.fasta -point 4 -count 262 -auto
  • 1)алгоритм максимального правдоподобия: 
      +------------B         
  |  
  |                        +---------E         
  |  +---------------------3  
  |  |                     |  +---------------------F         
  1--2                     +--4  
  |  |                        +-------------D         
  |  |  
  |  +-------------C         
  |  
  +-----------A
    2)Neighbor-joining: 
     
  +--------------B         
  ! 
  !   +-------------C         
  1---2 
  !   !                        +-------E         
  !   +------------------------3 
  !                            !   +---------------D         
  !                            +---4 
  !                                +---------------------F         
  ! 
  +---------A
    3)UPGMA: 
                                      +------------------------A         
                             +----2 
  +--------------------------3    +------------------------B         
  !                          ! 
  !                          +-----------------------------C         
--5 
  !                               +------------------------D         
  !                    +----------1 
  +--------------------4          +------------------------E         
                       ! 
                       +-----------------------------------F
  • Сравнение деревьев: 
    1)ABCDEF    2)ABCDEF   3)ABCDEF
  **....      **....     **....
  ***...      ***...     ***...
  ***.*.      ***.*.     ***..*
    Видно,что разбиение ветвей во всех случаях одинаковое,кроме того,что при использование UPGMA D образует пару с Е,а не с F. Однако с реальным полностью совпало только дерево, восстановленное с помощью UPGMA.
  • Результаты программы fseqboot-здесь.
  • Конценсусное дерево: 
      +---------------------------C
  |
  |                    +------E
  |             +-48.0-|
  |      +100.0-|      +------D
  |      |      |
  +------|      +-------------F
         |
         |             +------A
         +--------63.0-|
                       +------B
    Разбиение ветвей: 
    ABCDEF
**....
***...
***..*
    Разбиение совпало с разбиением реального дерева.
  • На вход программе fdrawtree была подана скобочная структура, помещённая в отдельный файл. В результате было получено данное изображение.

    если реальное дерево сделать бескорневым,то данное дерево на картинке совпадёт с реальным.
    ©Дёмин Олег