на главную страницу

Филогенетические деревья(дополнительное задание)

  • jackknife: 
    
                +-------------F
         +100.0-|
         |      |      +------D
         |      +-60.0-|
  +------|             +------E
  |      |
  |      |             +------A
  |      +--------93.0-|
  |                    +------B
  |
  +---------------------------C
  • bootsrap: 
      +---------------------------C
  |
  |                    +------E
  |             +-48.0-|
  |      +100.0-|      +------D
  |      |      |
  +------|      +-------------F
         |
         |             +------A
         +--------63.0-|
                       +------B
  • Сравнение jackknife и bootstrap:дерево, сделанное jackknife, совпадает по топологии с реальным и ветви более достоверны, в отличие от дерева, реконструированное bootstrap. 
  • 
                         ,-------------------------------1:F
  ,----------------------9
  !                      !                  ,-------------------------------2:D
  !                      `-----------------10
  !                                         `-------------------------------3:E
--7
  !                                       ,-------------------------------4:A
  !         ,----------------------------11
  `---------8                             `-------------------------------5:B
            !
            `---------------------------------------------------------------6:C
  • описание действий:вначале выполнялась команда fretree 6 align.tree, где на вход подавалась скобочная формула дерева, восстановленного методом Neighbor-joining. Далее надо было указать имя выходящего файла. Затем было предложено выбрать какую-нибудь однобуквенную команду. Была выбрана команда М(укореняющее дерево в среднюю точку). Далее команда-W(записывает всё в выходящий файл) и команда X(выход).
  • Для получения изображения переукорененного дерева из предыдущего упражнения как филограммы (phenogram), ориентированной вправо, была использована команда: fdrawgram align1.treefile -style p. Использовалась опция style p, т.к. тип изображения- филограмма(p-phenogram). Изображение дерева-здесь.
  • восстановление предковой последовательности для мутированных последовательностей было сделано с помощью команды:fdnamlk align.fasta -hypstate -ttratio 1. Далее с помощью genedoc было сделано выравнивание, процент идентичности которого оказался равен 59%:
    ©Дёмин Олег