на главную страницу

Метаболические пути. KEGG.

  • Поиск графических формул и идентификаторов заданных низкомолекулярных веществ в KEGG.
    Фрагмент пути для исследования-Биосинтез метионина из гомосерина.
    L-Methionine(Метионин):

    L-Homoserine(гомосерин):
  • Поиск метаболического пути. Выделение цветом пути превращения заданных веществ.
    оба идентификатора нашлись в метаболизме метионина. Запрос: 
    C00073 red
C00263 red
ec:2.5.1.48 yellow
ec:2.5.1.49 yellow
ec:2.3.1.31 yellow
ec:2.1.1.5 yellow
ec:2.1.1.10 yellow
ec:2.1.1.13 yellow
ec:2.1.1.14 yellow
  • Исследование выбранного метаболического пути
    выбранный путь-Метаболизм метионина.Всего 3 этапа биосинтеза метионина из гомосерина. Одна реакция оказалась обратимой. 1 этап катализирует 1 фермент, второй может катализировать 2 фермента, третий-4 фермента, всего-7.

    Возможный путь превращения метионина в гомосерин
    Этап
    Ферментативная реакция
    Фермент
    1 acetyl-CoA + L-homoserine = CoA + O-acetyl-L-homoserine EC 2.3.1.31
    2 O-Acetyl-L-homoserine + Hydrogen sulfide <=> L-Homocysteine + Acetate EC 2.5.1.49
    3 trimethylammonioacetate + L-homocysteine = dimethylglycine + L-methionine EC 2.1.1.5
    Организм
    Возможен ли биосинтез метионина из гомосерина по данным KEGG ? (Да/нет)
    Краткое обоснование
    Homo sapiens Нет отсутствуют гены ферментов первых двух этапов
    Escherichia coli Нет нет гена фермента 1-го этапа
    Pseudomonas aeruginosa PAO1 Да есть ген хотя бы одного фермента каждого этапа
    Methanococcus janaschii Нет отсутсвуют гены ферментов всех этапов, кроме одного фермента 3-го этапа 2.1.1.14

    Как видно из таблицы, биосинтез метионина из гомосерина есть у Pseudomonas aeruginosa PAO1, но нету у Escherichia coli, Methanococcus janaschii и Homo sapiens. У человека метионин является незаменимой аминокислотой, которая не синтезируется в организме, а должна поступать из вне, поэтому отсутствие биосинтеза метионина у человека понятно.
    ©Дёмин Олег