Задание 11
Работа с PFAM(Гомология и выравнивание)
Выбор домена:
Я выбрал домен PF04766, так как это вирусный белок, что показалось мне интересным. Вот основные данные по домену.
AC PF04766
ID Baculo_p26
Summary name Nucleopolyhedrovirus p26 protein
Анализ множественного выравнивания:
| Таблица 11-3 | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | 25 последовательностей, 276 колонок |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 148-151 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 148 |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. |
последовательности 1-9, колонки 163-183 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 163, 166, 169, 175, 177, 178, 179, 183 |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 226-235 |
Выдача JalView:PFAM_alignment.jvp