Задание 11
Работа с PFAM(Гомология и выравнивание)
Выбор домена:
Я выбрал домен PF01814, так как судя по описанию, он может участвовать в образовании лигандов металлов. Вот основные данные по домену.
AC PF01814
ID Hemerythrin
Summary name Hemerythrin HHE cation binding domain
Анализ множественного выравнивания:
| Таблица 11-3 | Информация |
|---|---|
| Выравнивание seed | 187 последовательностей, 240 колонок |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 83-90 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 83, 87, 88 |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности (МДБ-notAll) Если есть другие максимальные блоки с тем же подмножеством последовательностей, то опишите их. |
последовательности 1-104, колонки 1-17 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 10 |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 36-58 |
Выдача JalView:ProjPFAM.jvp