Задание 12
Работа с PFAM(Семейства белковых доменов)
Краткое описание семейства доменов:
Белок p26 консервативен среди всех полностью секвенированных бакуловирусов чешуекрылых (Lepidoptera), и некоторые бакуловирусы даже имеют две копии p26 (p26a и p26b), что позволяет предположить, что p26 может играть фундаментальную роль в цикле инфекции бакуловируса. Транскрипция гена p26 может осуществляться РНК-полимеразой II хозяина как на ранней, так и на поздней стадиях инфекции.[1]
Этот домен также был найден в некоторых представителях эукариот(как раз чешуекрылых), что может свидетельствовать о горизонтальном переносе генов
| Параметр | Информация |
|---|---|
| AC pfam | PF04766 |
| ID pfam | Baculo_p26 |
| #SEED | 25 |
| #All | 54 |
| #SW | 7 |
| #architectures | 2 |
| #3D | 8 |
| Taxonomy | 223 |
| #eukaryota | 2 |
| #archaea | 0 |
| #bacteria | 0 |
| #viruses | 276 |
Карта локального сходства(dotplot):
| Таблица 11-5: Информация о доменных архитектурах | |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF04766 |
| Доменная архитектура 2 | PF04766 - PF17057 - PF04326 |
| Белок с архитектурой 1 | P08358 |
| Белок с архитектурой 2 | Q8UYJ5 |
Из анализа dotplot можно многое понять об этих доменных структурах.
Во-первых, очень хорошо видны строго консервативные участки(например со 167 по 215ую позиции), и в целом, в большинстве участков есть совпадающие позиции.
Во-вторых, отличаются позиции с 140 по 160. Вероятно этот участок не так консервативен, и здесь мы можем наблюдать индели
Литература: