Задание 3

Описание архейного белка

Структура в целом

Типы представленных макромолекул:

• Elongation factor 1-alpha
• Peptide chain release factor subunit 1

В структуре присутствуют две неидентичные друг другу цепи "A" и "B".

В одну биологическую единицу входят две цепи: "A", "B". Об этом свидетельствуют следующие строки из файла .pdb:

REMARK 350                                                                      
REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
REMARK 350                                                                      
REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: DIMERIC                           
REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: DIMERIC                    
REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA                                                  
REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 4280 ANGSTROM**2                          
REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 31950 ANGSTROM**2                       
REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -47.0 KCAL/MOL                        
REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B                                  
REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000           
REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000    
				        

Отдельные цепи

Обе цепи относятся к Aeropyrum pernix K1. Aeropyrum pernix - вид экстремофильных архей из архейного типа Thermoproteota. Живут в крайне экстремальных условиях.

Цепь A:

UniProt ID: Q9YAV0

Название: Elongation factor 1-alpha, EF-1-alpha, Elongation factor Tu, EF-Tu

Мутации относительно UniProt включают наличие на сайте PDB трёх аминокислот (GSH) в начале последовательности, которых нет на UniProt. Информация о содержании модифицированных аминокислот отсутствует.

Цепь B:

UniProt ID: Q9YAF1

Название: Peptide chain release factor subunit 1, Translation termination factor aRF1

Мутации относительно UniProt не были обнаружены. Информация о содержании модифицированных аминокислот также отсутствует.

Малые молекулы

Малые молекулы включают три разных лиганда: