Задание 7

Работа в UniProt

UniProt AC = M4ZSF8

Выбор белка

При попытке поиска по таксономии бактерии Blattabacterium clevelandi, ничего не было найдено(Позднее, на сайте NCBI после поиска по геномной сборке были найдены несколько белков, присутсыующих в UniParc и UniProtKB, однако в UniProtKB они были подписаны как Blattabacterium sp. потому не были замечены). Поэтому, был использован поиск по роду Blattabacterium(11173 результата), а после применён фильтр по аннотированности (2 результата аннотированные на 5/5) и выбран белок AC M4ZSF8, с Annotation score 5/5. Белок заинтересовал высокой достоверностью структуры.

Информация о белке

Информация полученная из файла:

Database:UniProtKB/TrEMBL
ID:M4ZSF8_9FLAO
AC:M4ZSF8
Version:71
Name:ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
TaxID:1229512
INSDC:AP012548,BAM99313.1
Length:512
MW:57814

Функции белка:

Данный белок выполняет критически важную для жизнедеятельности функцию(функции), а именно катализирует эпимеризацию S- и R-форм NAD(P)HX и дегидратацию S-формы NAD(P)HX с использованием АДФ, который преобразуется в АМФ. Это обеспечивает восстановление обоих эпимеров NAD(P)HX - повреждённой формы NAD(P)H, образующейся в результате ферментативной или термозависимой гидратации.

(6R)-NADHX = (6S)-NADHX

EC:5.1.99.6

(6S)-NADHX + ADP = AMP + phosphate + NADH + H+

EC:4.2.1.136

Кластеры похожих белков:

Для моего белка были найдены кластеры в базе UniRef. Вот полученные данные:

ID:UniRef100_M4ZSF8
Size:1
Length:512
Name:ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
		
ID:UniRef90_M4ZSF8
Size:1
Length:512
Name:ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase
		
ID:UniRef50_A0A224AHT6
Size:12
Length:513
Name:ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase

Легко заметить, что крайне близких белков не нашлось(size:1 для кластеров 100 и 90), однако белков в кластере 50 было обнаружено 12.

Также, интересный момент. UniRef50_A0A224AHT6 содержит в названии AC другого белка. Причиной этого является тот факт, что A0A224AHT6 длиннее чем M4ZSF8(пусть и всего на один остаток)

Поисковые запросы:

(taxonomy_id:1229512) AND (protein_name:"ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase")

Данный запрос должен показывать, сколько белков дублирующих мой присутствует в исходном организме. 1 результат.

"ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase" NOT (taxonomy_id:1229512)

Данный запрос должен показывать, сколько белков с этим RecName присутствует в других организмах. 37947 результатов.

"ADP-dependent (S)-NAD(P)H-hydrate dehydratase" AND (taxonomy_id:83333)

Данный запрос должен показывать, имеются ли белки с данной функцией в K12 штамме кишечной палочки. 1 результат.

(keyword:KW-0511) AND (taxonomy_id:1229512)

Данный запрос должен показывать, имеются ли ещё многофункциональные(так же как мой) белки в исходном организме. 11 результатов.