Cравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1. Генерация A-, B- и Z-форм ДНК

С помощью программы fiber пакета 3DNA построены модели дуплекса с последовательностью gatc (5 повторов).

                        fiber -seq=gatc -rep=5 -a gatc-a.pdb

                        fiber -seq=gatc -rep=5 -b gatc-b.pdb

                        fiber -seq=gatc -rep=5 -z gatc-z.pdb

Задание 2. Анализ экспериментальной B-формы (1BNA)

Экспериментальная структура: 1BNA.

Рис.1. Интерактивная модель 1BNA.

Ориентация атомов цитозина (C9)

Рис.2. Цитозин C9: красным — атомы большой бороздки, синим — малой.

В большую бороздку: C9.N1, C9.C2, C9.O2, C9.N3
В малую бороздку: C9.C6, C9.C5, C9.C4, C9.N4

Параметры спиралей

Параметр	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	26,4	33,78	43,5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	16,8 (DC8/P–DT35/P)	17,21 (DG13–DG25/P)	—
Ширина малой бороздки (Å)	7,99 (DG9/P–DA26/P)	11,7 (DT11/P–DA34/P)	7.2 (A/DG'7/P - B/DG'37/P)

Задание 3. Анализ структуры 1F7V (тРНК-подобный домен)

find_pair -t 1f7v.pdb stdout | analyze

Торсионные углы соответствуют A-форме (C3'-endo).

Стебли

901-PUCCUCG-907 :: 966-AAGGGGC-972
949-cCAGG-953 :: 965-GGUCC-961
939-CCAGAA-944 :: 931-GGUCPg-926
910-gCCC-913 :: 925-CGGC-922

Неканонические пары (9)

P901–A972, 905U–G968, 954t–a958, 955P–G917, 943A–P927,
944A–g926, 913C–C922, 914A–U908, 915A–U948

Третичные H-связи

953G–C961, 952t–a958, 955P–G917, 914A–U908, 915A–U948, 918G–C956

Работа выполнена с использованием 3DNA, PyMOL, 3Dmol.js.