Практикум 10

Задание 1. Поиск гомологичных белков в Swiss-Prot

При данных настройках BLAST выдача программы выглядела Следующим образом

histogram histogram
Настройки BLAST

Случайным образом отобрано пять белков. Их аминокислотные последовательности в FASTA формате были подвержены множественному выравниванию в BLAST, полученное множественное выравнивание было загружено в Jalview

У двух белков из пяти были очень сильно схожие последовательности, возможно они гомологичны.

Задание 2. Поиск гомологов зрелых вирусных белков.

В базе Uniprot был найден полипротеин вируса. Я выбрала белок VP2_POVSM

Данные о полипротеине

В поле FT по ключу CHAIN был выбран зрелый белок (/note="Minor capsid protein VP2")

С помощью EMBOSS был получен FASTA файл с аминокислотной последовательностью белка. Далее файл был загружен в Jalview

Задание 3. Исследование зависимости E-value от объёма банка

Я повторила поиск белков, используя фильтр по организмам (получила только вирусные белки). Количество полученных белков не измненилось. Однако изменились E-value у некоторых белков например у Minor structural protein VP2 [Gammapolyomavirus avis] он изменился с 2е-36 на 8е-38 то есть увеличился. Следовательно можно сделать вывод, что в UniProt вирусные белки занимают большую долю среди остальных белков.