Практикум 11
Задание 1. Выбор белкового домена и его описание.
Я выбрала домен c AC PF00001.
Информация о домене
| Информация | |
|---|---|
| AC PFAM | PF00001 |
| ID PFAM | 7tm_1 |
| #SEED | 63 |
| #All | 289903 |
| #SW | 2000 |
| #Architectures | 2614 |
| #3D | 2000 |
| Taxonomy | |
| #eukaryota | 432004 |
| #prokaryota | 0 |
| #archaea | 0 |
Трансмембранный домен - это белковый домен, который пронизывает клеточную мембрану
Семь трансмембранных доменов - характерная структурная особенность рецепторов, сопряжённых с G-белками
Домен, который выбрала я содержится у белков из семейства опсинов, которые обладают фотоизомеразной активностью. Они содержат хроматофор (весьма распространен 11-цис-ретиналь), благодаря которому адсорбируют свет с последующей активацией G-белка.
Опсины - светочувствительные белки, которые обнаружены в фоточувствительных клетках сетчатки. Также опсины могут быть обнаружены в мембране галобактерий, светочувствительных фоторецепторных клетках беспозвоночных и позвоночных животных, фотосинтезирующих организмах и других структурах.
Задание 2. Выравнивание белковых доменов (seed)
Проект Jalview| Информация | |
|---|---|
| Выравнивание Seed | Число последовательностей - 63, Число колонок - 722 |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Номера колонок 706-722 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 2(N), 102(R), 133(W), 172(C), 672(P), 719(P), 722(Y) |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Последовательности 37-63, колонки 651-679 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 2(N),76(C), 102(R), 133(W), 172(C), 672(P), 719(P), 722(Y) |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | колонки 224-230 |
Задание 3. Карта локального сходства (dotplot)
| Информация | |
|---|---|
| Доменная архитектура 1 | PF00001 |
| Белок с архитектурой 1 | P04001 |
| Доменная архитектура 2 | PF00001 - PF00001 |
| Белок с архитектурой 2 | P34974 |
На картинке видно, что в данном выравнивании присутствует достаточно много инделей, которые соответствуют разрывам на графике. Признаков транслокаций или дупликаций на графике не обнаружено.