При помощи расширенного поиска Uniprot были найдены записи о белках бактерии Trichlorobacter lovleyi. Помимо таксономии я ввела слово dehalogenase, потому что в ходе своего миниобзора я случайно заметила данный фермент в FT файле. Самое интересное, что дегалогеназа была обнаружена у штамма способного восстанавливать уран, что вызвало еще больший интерес. В итоге я решила выбрать белок B3E810 без какой либо весомой причины.
Поисковый запрос выглядел следующим образом:
Было получено 14 белков
Белок B3E810 относится к семейству дегалогеназ. Это ферменты, катализирующие удаление атомов галогенов из органических соединений. Механизм их работы предположительно связан с использованием B12 в качестве кофактора, но точной информации на этот счет пока нет.
Информация о белке B3E810
Поиск других редуктивных дегалогеназ
Был введен запрос (protein_name:"Reductive Dehalogenase") я получила 1678 результатов Далее мне стало интересно есть ли этот фермент только у бактерий и ввела запрос (protein_name:"Reductive Dehalogenase") AND (taxonomy_id:2) получила 1556 результатов значит он есть еще у каких-то груп организмов . Я проверила есть ли она у позвоночных командой (taxonomy_id:7742) AND (protein_name:"Reductive Dehalogenase") и получила один результат, она есть у лягушки Staurois parvus
Редуктивные галогеназы в Swiss-Prot
Был введен запрос (protein_name:"Reductive dehalogenase") AND (reviewed:true) , было получено 18 результатов, при этом всего редуктивных дегалогеназ в UniProt 1678, видимо данные белки не предоставляют большой ценности для нынешней науки, поскольку такая малая доля белков находится в базе данных Swiss-Prot
Редуктивные галогеназы с железосерными кластерами
Был введен запрос (protein_name:"Reductive dehalogenase") AND (keyword:KW-0411) Было получено 1099 результатов, следовательно у большей части редуктивных дегалогеназ присутствуют железосерные кластеры. Можеть быть данный кластер играет важную роль в реакции катализируемой данным ферментом.