Практикум 9

Задание 1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

При помощи команды infoseq в bash были скачаны идентификаторы записей, которые заканчиваются на _ECOLI или _BACSU (То есть принадлежащие штамму K12 кишечной палочки или штамму 168 сенной палочки)

Далее был использован конвейер (cut -f 1 -d '_' ecoli.txt bacsu.txt | sort | uniq -d > common_mnems.txt). Таким образом мы получили одинаковые мнемоники для двух штаммов. Далее я выбрала мнемоники , которые мне понравились (AGAL, AYPC и AK3) и провела для них глобальное парное выравнивание командой needle

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps
Alpha-Galactosidase	AGAL_ECOLI	AGAL_BACSU	1066.0	48.6%	63.9%	19
Alkyl hydroperoxide reductase C	AHPC_ECOLI	AHPC_BACSU	688.0	65.2%	82.4%	0
Lysine-sensitive aspartokinase 3	AK3_ECOLI	AK3_BACSU	358.5	26.7%	43.6%	65

Задание 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков

Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps
Alpha-Galactosidase	AGAL_ECOLI	AGAL_BACSU	1070.0	49.7%	65.1%	14
Alkyl hydroperoxide reductase C	AHPC_ECOLI	AHPC_BACSU	688.0	65.2%	82.4%	0
Lysine-sensitive aspartokinase 3	AK3_ECOLI	AK3_BACSU	360.5	27.3%	44.4%	57

Коментарии к выравниваниям

Задание 3. применения программ к неродственным белкам

Таблица 3. Характеристики глобального парного выравнивания негомологичных белков

Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Alpha-Galactosidase	AGAL_ECOLI	AGAL_BACSU	1066.0	48.6%	63.9%	19
Alkyl hydroperoxide reductase C	AHPC_ECOLI	AHPC_BACSU	688.0	65.2%	82.4%	0

Таблица 4. Характеристики локального парного выравнивания негомологичных белков

Protein Name	ID1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Alpha-Galactosidase	AGAL_ECOLI	AGAL_BACSU	1070.0	49.7%	65.1%	14
Alkyl hydroperoxide reductase C	AHPC_ECOLI	AHPC_BACSU	688.0	65.2%	82.4%	0