Практикум 7
Задание 1. Выберите качественную сборку генома эукариотического организма.
Я решила искать сборку кого-нибудь из семейства совиные, потому что мне кажется, что совы достаточно милые. Еще мне очень смешно с картинки с мокрой совой поэтому мой выбор пал на Домового сыча (по предположению гугла сова с мема это Кроличий сыч, но качество сборки его генома было слишком низким)
Итак, Домовый сыч (Athene noctua) - вид хищных птиц семейства совиных. Выделяют 13 подвидов. Русское название вид получил за то, что часто может поселяться в человеческих постройках.
В итоге у выцбранного вида была всего одна референсная сборка (bAthNoc1.hap1.1), следовательно далее все задания выполнены именно с этой сборкой.
Задание 2. Характеристики выбранной сборки
| Идентификатор GenBank | GCA_965140245.1 |
|---|---|
| Идентификатор RefSeq | GCF_965140245.1 |
| Уровень сборки генома | Chromosome |
| Общий размер генома (п.н.) | 1,3551,355,743,192,743,192 |
| Число фрагментов генома в сборке | Scaffold - 716, Сontig - 1288 |
| Параметры N50 и L50 для всех элементов | Scaffold N50 - 86,326,089б, Scaffold L50 - 5, Contig N50 - 4,050,372, Contig L50 - 101 |
L50 - это метрика, которая показывает минимальное количество фрагментов (скэффолдов или контигов), суммарная длина которых покрывает 50% всего генома. Чем меньше эта мера тем лучше, поскольку в таком случае наша сборка состоит из более длинных непрерывных кусочков (мало длинных кусков).
N50 - это метрика, которая показывает длину фрагмента, на котором длина достигла 50% генома. Чем больше эта мера тем лучше поскольку она показывает длину непрерывных кусков.
Задание 3.
В качестве названия белка я решила взять Тубулин (глобулярный белок и основной строительный элемент микротрубочек, входящих в состав цитоскелета эукариотических клеток).
Всего было обнаружено 172451 записей содержащих Tubulin в названии, из них взяты из GenBank и 179681 из RefSeq