Занятие 8. Метаболические пути. KEGG.

Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

Субстрат Название Гипоксантин (Hypoxanthine;Purine-6-ol) Идентификатор C00262 Структурная формула

Продукт Название Дезоксигуанозин(Deoxyguanosine;2'-Deoxyguanosine) ИдентификаторC00330 Структурная формула

Поиск метаболического пути.

• Текст запроса для раскрашивания субстрата, продукта и ферментов.

C00262 red
C00330 green
2.4.2.1   yellow
2.7.1.113  yellow 
1.17.1.4 yellow
3.2.2.2 yellow
3.2.2.12 yellow
1.17.3.2 yellow
3.2.2.1 yellow
2.4.2.1  yellow
2.4.2.15 yellow      
2.4.2.8   yellow                     
3.2.2.8   yellow             
3.5.4.2  yellow
2.4.2.4 yellow
2.4.2.1   yellow    
2.4.2.4   yellow
2.7.1.113  yellow   

• Название карты пути, где была обнаружена цепочка реакций для превращения субстрата в продукт.
ko00230 Purine metabolism
• Картинка (часть карты) с раскраской:





Описание последовательности реакций.

Таблица 1. Возможных путь превращения гипоксантина в дезоксигуанозин по данным карты метаболизма пуринов.

Этап	Ферментативная реакция	EC number	R number
1	Xanthine + H2O + Oxygen <=> Urate + H2O2, Xanthine + NAD+ + H2O <=> Urate + NADH + H+	EC 1.17.1.4, 1.17.3.2	R02103, R02107
2	Urate + Oxygen + H2O <=> 5-Hydroxyisourate + H2O2	EC 1.7.3.3	R02106
3	5-Hydroxyisourate + H2O <=> 5-Hydroxy-2-oxo-4-ureido-2,5-dihydro-1H-imidazole-5-carboxylate	EC 3.5.2.17	R06601


Примечание: На полученной карте метаболизма пуринов описан многостадийный процесс, поэтому ограничимся первыми тремя реакциями.Так же заметим, что первая стадия последовательности реакций может осуществляться одним из двух ферментов 1.17.1.4 и 1.17.3.2.


Исследование метаболического пути в других организмах

Таблица 2. Возможность пути превращения гипоксантина в дезоксигуанозин в различных организмах с известными полными геномами.


Организм	Возможна ли цепочка реакций (да/нет/неизвестно)	Обоснование
Escherichia coli K-12 DH10B	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Haemophilus influenzae Rd KW20 (serotype d)	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Methanococcus janaschii	да	присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций
Arabidopsis thaliana	да	Есть все необходимые ферменты
Homo sapiens	да	Есть все необходимые ферменты