BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии

На главную>Второй семестр>


Работа с программой BLASTP

Поиск белка SLT_ECOLI по фрагменту его аминокислотной последовательности

Результаты поиска:

Для участка длиной 10 АА (1-10 остаток)

FSPEKPGTTE

  • Порядковый номер хита - 2

  • Процент совпадающих остатков в выравнивании (identity) - 100%

  • Вес выравнивания (score) - 25.8 (55)

  • E-value - 19

    Для участка длиной 30 АА (1-10 остаток)

    MEKAKQVTWRLLAAGVCLLTVSSVARADSL

  • Порядковый номер хита - 1

  • Процент совпадающих остатков в выравнивании (identity) - 100%

  • Вес выравнивания (score) - 59.3 bits (142)

  • E-value - 2e-09

    В результате:

  • При увеличении длины последовательности в три раза вес выравнивания увеличивается приблизительно в два раза. Число совпадений в коротком участке ниже чем в длинном.
  • При уменьшении длины участка возрастает Е-value, так как вероятность случайного совпадения 10 остатков выше чем 30.

    Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?

    Из приведенного списка найденных гомологов репрессора рибозного оперона RbsR из Bacillus subtilis(см. ниже) видно, что сначала идёт очень маленькое значение E-value, затем в последующих двух оно увеличивается с e-180 до e-70 - довольно сильный скачок. Чётвертым белком идёт с довольно приемлимым E-value, но он не является гомологом нашемего белка. Ниже по списку тоже встречаются гомологи, перемежаясь с не гомологами. В результате мы можем найти лишь некоторое количество белков и сказать с увереностью, что это гомологи по очень малому значению E-value. Большую часть найденных белков мы не можем называть гомологами, не смотря на их E-value. Следовательно Blast не является инструментом поиска ортологов, если только они не имеют одинаковую функцию.

    				

                                                                          Score    E               
    Sequences producing significant alignments:                           (bits) Value

    gi|2851638|sp|P36944|RBSR_BACSU  Ribose operon repressor               629   e-180 

     gi|20139764|sp|Q9K6K2|RBSR_BACHD  Ribose operon repressor             268   2e-71 

    gi|20139702|sp|Q9CF41|RBSR_LACLA  Ribose operon repressor              256   6e-68 

    gi|3024530|sp|Q45831|REGA_CLOSA  HTH-type transcriptional regulat.     167   3e-41 

    gi|1173387|sp|P43472|SCRR_PEDPE  Sucrose operon repressor (Scr op..    164   2e-40 

    gi|115950|sp|P25144|CCPA_BACSU  Catabolite control protein A (Glu...   161   2e-39 

   gi|37999777|sp|Q9CPA2|RBSR_PASMU  Ribose operon repressor               159   8e-39 

   gi|18202290|sp|P58258|REGA_CLOAB  HTH-type transcriptional regula...    152   9e-37 

   gi|26007033|sp|Q54430|SCRR_STRMU  Sucrose operon repressor (Scr o...    151   2e-36 

   gi|585043|sp|P37947|DEGA_BACSU  HTH-type transcriptional regulato...    150   4e-36 

   gi|118189|sp|P06964|CYTR_ECOLI  HTH-type transcriptional represso...    149   8e-36 

   gi|1168844|sp|P46828|CCPA_BACME  Glucose-resistance amylase regul...    147   3e-35 

   gi|3023459|sp|Q56194|CCPA_STAXY  Probable catabolite control prot...    147   4e-35 

   gi|1172870|sp|P44329|RBSR_HAEIN  Ribose operon repressor                145   2e-34 

   gi|400962|sp|P25551|RBSR_ECOLI  Ribose operon repressor                 144   3e-34 

   gi|38604814|sp|Q8CNV8|CCPA_STAEP  Probable catabolite control pro...    143   4e-34 

   gi|7388031|sp|O68446|PURR_SALTY  HTH-type transcriptional repress...    140   5e-33 

   gi|131650|sp|P15039|PURR_ECOLI  HTH-type transcriptional represso...    139   9e-33 

   gi|37999776|sp|Q9CN88|PURR_PASMU  HTH-type transcriptional repres...    139   1e-32 

   gi|38604906|sp|Q8NW33|CCPA_STAAW  Probable catabolite control pro...    137   5e-32 

   gi|1710834|sp|Q04939|SACR_LACLA  Sucrose operon repressor (Scr op...    136   6e-32