Поиск мотивов в последовательности SLT_Ecoli с помощью средств PROSITE .
На главную>Второй семестр> Описание общей доменной структуры>Поиск мотивов
В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов. С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) были найдено 20 известных мотивов в последовательности SLT_Ecoli.
| Идентифи-катор паттерна (accession number) | Идентификатор документации PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом | Паттерн (регулярное выражение ) | Число мотивов, обнаруженных в моем белке |
| PS00004* | PDOC00004 CAMP_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимыми протеинкиназами. | [RK](2)-x-[ST] | 1 |
| PS00005* | PDOC00005 PKC_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования протеинкиназой C | [ST]-x-[RK]. | 6 |
| PS00006* | PDOC00006 CK2_PHOSPHO_SITE Cайт фосфорилирования казеинкиназой II | [ST]-x(2)-[DE]. | 5 |
| PS00007* | PDOC00007 TYR_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования тирозинкиназой | [RK]-x(2,3)-[DE]-x(2,3)-Y. | 2 |
| PS00008* | PDOC00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}. | 4 |
| PS00009* | PDOC00009 AMIDATION Сайт амидирования | x-G-[RK]-[RK]. | 1 |
| PS00922 | PDOC00713 TRANSGLYCOSYLASE Подпись прокариотической трангликозилазы | [LIVM]-x(3)-E-S-x(3)-[AP]-x(3)-S-x(5)-G-[LIVM]-[LIVMFYW]-x-[LIVMFYW]- x(4)-[SAG]. | 1 |
* - помечены часто встречающиеся паттерны.