|
Посмотреть информацию о белке
Рис.1 Положение белка в геноме бактерии
Ген, кодирующий белок YP_004172352.1, имеет метку локуса Deima_3058, то есть
является 3058 кодирующей последовательностью в геноме бактерии. Направление -1.
Начало - 3 237 245 п.н.; конец - 3 238 000 п.н. Расстояние до соседей: с 5` конца
- 426 п.н., рамка считывания -2; с 3` конца - 121 п.н., рамка считывания +0
Соседние гены (Рис.1):
С 5` конца - ген Deima_3057. Направление +1. Начало - 3 235 377 п.н.; конец -
3 236 819 п.н. Расстояние до соседей: с 5` конца - 71 п.н., рамка считывания +0
(относительно гена Deima_3058); с 3` конца - 426 п.н., рамка считывания -2.
С 3` конца - ген Deima_3059. Направление -1. Начало - 3 238 121 п.н.; конец -
3 240 073 п.н. Расстояние до соседей: с 5` конца - 121 п.н., рамка считывания +0;
с 3` конца - 120 п.н., рамка считывания +2 (относительно гена Deima_3058).
Ген Deima_3058 не может образовывать оперон с обоими своими соседями, так как он
имеет обратное направление, а соседний с ним ген Deima_3057 - прямое. Это значит,
что ген Deima_3057 не может быть прочитан и синтезирован после данного гена.
На комплементарной цепи для данного гена с 5` стороны ближайшим является соседний
с ним ген Deima_3057; с 3` стороны ближайший ген - Deima_3063, находящийся через
4 гена от данного.
Один оперон могли бы составить данный ген с 4 последующими на 3` конце (на обратной
цепи - в сторону 5` конца).
Оценивая функции белков, кодируемых соседними генами, можно предположить, что они
функционально не связаны. В низваниях нет схожих элементов: magnesium protoporphyrin
chelatase (магний-протопорфирин хелатаза) - белок, кодируемый Deima_3057, - и
thymidylate synthase complementing protein (белок дополнения тимидилат-синтазы) -
белок, кодируемый Deima_3058. Функции и кодируемая последовательность гена
Deima_3059 не определены. Функции, исполняемые белками, также имеют мало общего.
Magnesium protoporphyrin chelatase катализирует реакцию хелатирования магния в
процессе биосинтеза хлорофилла у бактерий; thymidylate synthase complementing
protein является целенаправленным антибактериальным средством. Это связано с тем,
что этот белок дополняет тимидилат-синтазу, которая производит необходимые для
синтеза ДНК соединения. Это не позволяет проникающим в клетку бактериям нарушить
её работу.
Наверх
Thymidylate synthase complementing protein (белок дополнения тимидилатсинтазы)
Ген белка и
последовательность аминокислот
В таблице ниже приведены данные о гене белка YP_004172352.1
Таблица 1. Информация о белке дополнения тимидилатсинтазы из
организма Deinococcus maricopensis DSM 21211 (идентификатор белка в базе
данных RefSeq YP_004172352.1)
| Вид информации |
Квалификатор в записи генома |
Значение |
| Локус гена в геноме |
/locus_tag |
Deima_3058 |
| Имя гена |
/gene |
thymidylate synthase complementing protein encoding |
| Идентификатор гена в базе Gene |
/db_xref="GeneID ... |
10152425 |
| Начало гена в геноме |
- |
3237245 |
| Конец гена в геноме |
- |
3238000 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) |
- |
Обратная |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) |
- |
756 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein |
/protein_id |
YP_004172352.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) |
- |
251 |
© Колупаева А.Л.
|
Бактерия