Упражнения

UniProt
1. 1. Определите код РЕФЕРЕНСНОГО протеома бактерии Brucella abortus
Ответ: UP000002719
2. 2. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus
Ответ: 14 находок
3. 3. Найдите белки систем секреции (secretion system) в референсном протеоме B.abortus, кроме тех, которые помечены как не охарактеризованные (uncharacterized protein)
Ответ: 13 находок
4. 4. Найдите белки, связывающие атом железа, в референсном протеоме B.abortus
Ответ: 10 находок

PubMed
1. 5. Найдите статью Блюменталя (Blumenthal) с названием "Транс-сплайсинг и опероны C.elegans"
Ответ: запрос: (((Blumenthal[Author]) AND trans-splicing[Title]) AND operons[Title]) AND C. elegans[Title]
3 находки; PMID статьи: 23175478
2. 6. Получите список публикаций, в которых цитируется данная работа
Ответ: список статей

PDB
1. 7. Получите список структур БАКТЕРИАЛЬНЫХ белков из систем секреции типа IV (type IV secretion system)
Ответ: запрос: TaxonomyTree Search for Bacteria (eubacteria) and StructDescQuery: entity.pdbx_description.comparator=contains entity.pdbx_description.value=type IV secretion system and StructTitleQuery: struct.title.comparator=!contains struct.title.value=inhibitor
список структур

Тема 4. ДНК метилтрансферазы млекопитающих

ДНК метилтрансфераза - фермент, переносящий метильную группу с кофактора (лиганда) на определенный атом цитозина ДНК. При этом метилируемое основание должно быть в сайте ДНК с определенной последовательностью. Метилирование ДНК присуще как эукариотам, так и прокариотическим организмам. У человека метилировано около 1 % геномной ДНК.

Реакция ДНК-метилирования катализируется ферментом ДНК-метилтрансферазой, который осуществляет перенос метильной группы с S-аденозилметионина на цитозин, стоящий перед гуанином. У человека и большинства млекопитающих ДНК-метилирование - естественная модификация ДНК, и воздействует только на основание цитозин (С), стоящий перед гуанином (G). После взаимодействия метилтрансферазы со специфическим участком ДНК остаток модифицируемого цитозина выпячивается из двойной спирали и образует ковалентную связь с полипептидной цепью фермента в положении С6. В этом промежуточном комплексе активированный атом углерода С5 акцептирует метильную группу S-аденозилметионина, выступающего в качестве кофактора.

Метилирование ДНК человека и других эукариот игрант важную роль: при добавлении метильной группы на нуклеотид его физико-химические свойства и пространственная структура меняются. Также изменяется активность и функции соответствующего гена. Так ферменты осуществляют инактивацию генов путём метилирования. В частности, у человека подобный процесс наблюдается при действии определённых ферментов на гены ДНК, содержащие мутации. В данном случае процесс метилирования, катализируемый данными ферментами, способствует уменьшению аномальной пролиферации. Помимо рака, различные заболевания человека сопровождаются начальным аномальным гипометилированием ДНК.