(http://www.quazoo.com/q/White%20Bream%20virus)
White bream virus (вирус густеры)
Вирус густеры является одним из видов в роду Bafinivirus из подсемейства Torovirinae, семейство Coronaviridae, порядок Nidovirales, домен Viruses. Впервые он был выделен из густеры (Blicca bjoerkna L.) в Германии. Это одноцепочечный РНК-содержащий палочковидный вирус.
Идентефикатор записи с геномом - NC_008516. Последовательность полного генома вируса включает 26 660 нуклеотидов.

Геном вируса

Рис.1 Полный геном вируса с генами.


В геноме вируса густеры содержится 5 кодирующих последовательностей, закодированных на одной цепи РНК (Рис.1). Кроме сравнительно небольшого размера РНК вирусов отличается малым содержанием интронов; большую её часть занимают кодирующие последовательности, что мы и наблюдаем.

Рис.2 Область перекрывания генов.


Кодирующие последовательности идут в геноме не строго друг за другом, наблюдается перекрытие (Рис.2). При этом обе последовательности содержат информацию о важных для вируса белках. В данном случае это полипротеин репликазы 1ab (replicase polyprotein 1ab), осуществляющий рибосомальное проскальзывание, и полипротеин репликазы 1a (replicase polyprotein 1a).
Я предполагаю, что в таком случае вариант конечного белка зависит от места прикрепления полимеразы. Но почему тогда в одном случае она встречает стоп-кодон и прекращает достраивание иРНК, а в другом продолжает транскрипцию до конца второго белка? И если это зависит от рамки считывания, то что происходит, когда перекрывающиеся гены (как и в моём случае) начинаются с одного нуклеотида, а следовательно, имеют одинаковый первый триплет и совпадающую рамку? Эти вопросы для меня пока остаются без ответа...