Целью данного этапа работы было создание искуственного хода эволюции белка Транспортёра глицеро-3-Фосфата и изучение на его основе разных методов реконструкции хода эволюции
Исходные данные: правильная скобочная структура дерева эволюции последовательности гена glpT - (A:100, (((B:60,C:60):10,D:70):20,(E:70, F:70):20):10) , а также нуклеотидная последовательность glpT.
Во-первых, было создано филогенетическое дерево, на основании правильной скобочной структуры, демонстрирующее ход эволюции гена:
 |
| Вид дерева, построенного по правильной скобочной структуре |
| Корнем дерева является ген GlpT длиной 1560 нуклеотидов из Escherichia coli |
| Расстояния на дереве обозначают количество нуклеотидных замен внутри гена. |
| В скобочной структуре расстояния были даны в расчете на 100 нуклеотидов. |
Во-вторых, с помощью программы msbar пакета Emboss, были получены последовательности , содержащие заданное количество нуклеотидных мутвций
Для этого использовался следующий скрипт:
msbar glpT_nucl.fasta pointA.fasta -point 4 -count 1359 -auto msbar glpT_nucl.fasta point2.fasta -point 4 -count 136 -auto msbar point2.fasta point3.fasta -point 4 -count 272 -auto msbar point2.fasta point4.fasta -point 4 -count 272 -auto msbar point4.fasta pointE.fasta -point 4 -count 951 -auto msbar point4.fasta pointF.fasta -point 4 -count 951 -auto msbar point3.fasta point5.fasta -point 4 -count 136 -auto msbar point3.fasta pointD.fasta -point 4 -count 951 -auto msbar point5.fasta pointB.fasta -point 4 -count 815 -auto msbar point5.fasta pointC.fasta -point 4 -count 815 -auto
Анализ модели