Исследованы контакты первой(N-концевой) альфа-спирали с соседними спиралями
Структурная форма лиганда
|
| Первая N-концевая альфа спираль |
Таблица с описанием контактов аминокислотных остатков с лигандом:
| Цепь белка | 1й Контактирующий остаток | 2й Контактирующий остаток | Контактирующие атомы | Расстояние в Ǻ | Тип связи |
| A | ARG 45.NH1 | TYR393.OH | NH2, OH | 3.06 Ǻ | Hbond |
| A | ILE19.N | ASP20.N | N,N | 2.48 Ǻ | ? |
| A | TYR41.OH | GLY137.CA | OH,C | 2.84 Ǻ | * |
| A | TYR41.OH | LEU96.O | OH,O | 2.70 Ǻ | Нbond |
| A | TYR42.CD1 | ALA164.O | C,O | 2.99 Ǻ | * |
| A | PRO21.CG | GLU18.OE1 | C,O | 3.03 Ǻ | ? |
| A | ALA40.CB | LEU100.CD1 | C,O | 3.08 Ǻ | Hydrofobic |
| A | TYR54.OH | LEU288.CD2 | OH,C | 2.70 Ǻ | * |
| A | ARG27.NH2 | TRP149.NE1 | NH2,N | 2.61 Ǻ | Hbond |
| A | TYR42.OH | GLN134.NE2 | OH,N | 3.02 Ǻ | Hbond |
Пояснения:
1)* - Можно предположить, что данный тип связи является Ваан-Дер-Ваальсовым взаимодействием(слабым межмолекулярным взимодействием)
2)?- По поводу данных контактов, отображемых в Rasmol, возникают большие противоречия, поскольку связь осуществляетсяся между соседними аминокисл. 1-й цепи и в случае с ILE-ASP, связь между атомами азота чрезчур мала, но тем не менее фиксируется, её нельзя отрицать
Лиганд в его ближайшем окружении
 |  |