Часть 1:Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных последовательностей Swiss-Prot, release march 2004
|
Часть 2: Описание процедуры составления выборки
Поиск схожих по функции белков велся с помощью поисковой системы SRS на сервере Европейского института биоинформатики ( http://srs.ebi.ac.uk)
Поиск велся в банке данных UniProt/SwissProt по полям Description (Glycerol-3-phosphate transporter) и Species для организмов Escherichia coli, Salmonella typhi и Vibrio cholerae.Запись запроса выглядела следующим образом:[Query "((([uniprot-Description:Glycerol-3-phosphate*] & [uniprot-Description:transporter*]) | [uniprot-Description:Glycerol-3-phosphate transporter*]) & (([uniprot-Species:Escherichia coli*] | [uniprot-Species:Salmonella typhi*]) | [uniprot-Species:Vibrio cholerae*])) " found 8 entries].В результате было получено по одному белку на каждый организм.
При задании функции белка (DE)=Glycerol-3-phosphate transporter, было найдено всего 8 документов, то есть 8 белков из которых 3 соответствовали запросу(1 для Salmonella typhi ,1 для Escherichia coli и 1 для Vibrio cholerae (ABC transporter исключался).
Часть 3: Описание выборки
Для поиска и включения последовательности в выборку я пользовался критерием сходства функций белков (DE), а также таксономической принадлежностью.
 |
 |