Домены

Краткое описание семейства

Это семейство включает короткие бактериальные и архебактериальные белки, которые считаются антитоксиновыми компонентами системы токсин-антитоксин (ТА) типа II

Вторичная структура состоит из не менее, чем трех бета-цепей

Таксономия : 62.39% Бактерии (389 белков), 37.06% Археи (825 белков)

Гомологичность последовательностей в семействе

Так как максимально достоверный блок для всех последовательностей отсутствует, то они были разбиты на несколько подмножеств (конкретно - два ярко-выраженных подмножества).

У первого подмножества есть максимально достоверный блок 1-17 (абсолютно консервативные колонки 1-3, 5, 6, 9-17 и функционально консервативные колонки 4, 7, 8).
Также максимально достоверным можно считать блок 20-29 (все колонки кроме 25 и 29 являются абсолютно консервативными, а 25 и 29 - функционально консервативные).
На участке 40-46 много гэпов и практически нет схожих аминокислот, поэтому можно сделать вывод, что данных участок недостоверен и маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции.

Для всех последовательностей не выражен максимально достоверный блок, но в конце и , особенно, в начале присутствует множество консервативных колонок, поэтому можно сделать вывод, что выравнивание достоверно в данных участках и белки гомологичны.

Визуальное отображение в проекте.

Сравнение доменных архитектур

Для сравнения последовательностей белков в разных архитектурах домена были выбраны две архитектуры, представленные данными белками : A0A1F2QF74 и A0A354GPW9
Как видно из выравнивания в Jalview, сходства между белками двух доменов не выявлено.

Визуальное отображение в проекте.

Карта локального сходства

Для построения карты локального сходства были выбраны две разные архитектуры из одного домена, PF13456 - PF01954 (представлена белком A0A1F2QF74) и PF01954 (представлена белком O28071)

На карте представлена одна линия, следовательно, у вышеупомянутых белков есть один идентичный домен. Непрерывная линия означает отсутсвие гэпов в выравнивании.