Строение белка LasB в комплексе с ингибитором


Структура в целом

Данная макромолекула является белком, а точнее ферментом. LasB - коллагеназа-эластаза синегнойной палочки, псевдолизин. В структуре, как и биологической единице присутсвует одна полипептидная цепь. В этом случае она представлена вместе с ингибитором данного белка. Биологическая единица совпадает с ассиметрической. Ниже на рисунке представлен общий ход остова.

Рис. 1-3 Комплекс белка с ингибитором с разных ракурсов

Отдельные цепи

Полипептидная цепь, а также вся макромолекула относятся к Pseudomonas aeruginosa. Uniprot_id - P14756, название - 6F8B_1. Данный белок усиливает инвазивность бактерии, а также оказывает иммуномодулирующий эффект. Действуя внутри бактериальной клетки, он инициирует рост бактериальной биопленки. Мутаций в последовательности относительно референса из Uniprot не обнаружено. В составе цепи есть модифицированные аминокислотные остатки.

Рис. 4 Комплекс белка с ингибитором по типу вторичной структуры

Малые молекулы

В записи присутсвует 4 типа малых молекул:

  • вода (краткое наименование - НОН)
  • ингибитор (краткое наименование - CHX, полное - {N}-(3,4-дихлорфенил)-2-сульфанилэтанамид)
  • ион цинка (Zn 2+)
  • ион кальция (Ca 2+)

    • Ингибитор СХН является искуственно введенной структурой, которая блокирует работу белка LasB, связываясь с активным центром.

    Координаты малых молекул :

    PXH
    HOH
    Zn
    Ca

    Рис. 5 Ингибитор СХН с белковым окружением

    Взаимодействия между аминокислотными остатками

    Рис. 5 Водородные связи остова белка в β-складчатом слое

    Рис. 6 Водородные связи боковых радикалов аминокислот

    Рис. 7 Солевой мостик

    Рис. 8 Дисульфидные связи

    Рис. 9 Стекинг ароматических аминокислот

    Ферментативная активность

    Данный фермент катализирует гидролиз белков, таких как эластин, коллаген типов III и IV, фибронектин и иммуноглобулин А

    Рис. 10 Каталитический центр фермента

    Остаток глутаминовой кислоты активного центра взаимодействует с His-144 посредством образования водородной связи.

    Остаток Гистидина взаимодействует с Glu-164,Tyr-155, Asp-221, образуя с ними водородные связи


    Рис. 11-12 Взаимодействия между остатками каталитического центра и их окружением


    Ингибитор связывается с активный центром белка с помощью π-стекинга.

    Рис. 13 Взаимодействия между каталитическим центром и ингибитором

    Литература

  • Белок 6F8B с ингибитором
  • UniProt P14756
  • Novel inhibitors of the Pseudomonas aeruginosa virulence factor LasB: a potential therapeutic approach for the attenuation of virulence mechanisms in pseudomonal infection Authors : George R A Cathcart 1, Derek Quinn, Brett Greer, Pat Harriott, John F Lynas, Brendan F Gilmore, Brian Walker