В качестве бактерии, обладающей протеомом, схожим с протеомом Mycobacterium senriense была выбрана Mycobacterium tuberculosis, как родственная патогенная микобактерия. Использовать протеом Mycobacterium senriense для анализа ее протеома не представляется возможным, т.к данный протеом является удаленным (предпочтителен референсный). В качестве объекта для сравнения была выбрана микобактерия Mycobacterium intermedium, как непатогенный организм
Mycobacterium tuberculosis
Proteome ID : UP000001584
Taxonomy ID : 83332
Protein count : 3995
CPD : Standart
BUSCO : S:98.5%, D:0.5%, F:0.4%, M:0.5%
Все белки находятся в TrEMBL, следовательно, данный протеом мало изучен
Mycobacterium intermedium
Proteome ID : UP000094976
Taxonomy ID : 28445
Protein count : 3995
CPD : Close to standart (high value)
BUSCO : S:98.9%, D:0.5%, F:0.1%, M:0.4%
В базе Swiss-Prot 2305 белков, а в TrEMBL - 1690. Очевидно, что данный организм изучен, но еще не до конца.
wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&download=true&format=txt&query=((proteome:UP000094976))' -O UP000094976.swiss.gz - команда для скачивания записей о белках Mycobacterium intermedium
wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&download=true&format=txt&query=((proteome:UP000001584))' -O UP000001584.swiss.gz - команда для скачивания записей о белках Mycobacterium tuberculosis
| Функциональная группа белков | Mycobacterium intermedium | Mycobacterium tuberculosis |
|---|---|---|
| Трансмембранные белки | 926 | 728 |
| Ферменты | 859 | 1285 |
| Вирулентные белки | 3 | 162 |
Для третьей группы сравнения протеомов по белкам я решила обратить внимание на патогенность-непатогенность. Легко заметить, что у патогенной микобактерии гораздо больше вирулентных белков. Mycobacterium intermedium может вызыввать опортунистические заболевания и содержит 3 вирулентных белка.
Использованные команды :
(proteome:UP000001584) AND (keyword:KW-0812), (proteome:UP000094976) AND (keyword:KW-0812) - поиск трансмембранных белков
(proteome:UP000001584) AND (EC:*), (proteome:UP000094976) AND (EC:*) - поиск ферментов
(proteome:UP000001584) AND (keyword:KW-0843), (proteome:UP000094976) AND (keyword:KW-0843) - поиск вирулентных белков
Я решила проверить, всегда ли метионин является первой аминокислотой в белках протеомов Mycobacterium intermedium и Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium tuberculosis
kondratuk.ks@kodomo:~/term2/pr8$ zcat UP000001584.swiss.gz | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v '^>' | sort | uniq -c
1 A
2 D
1 G
1 L
3985 M
2 P
2 S
1 W
Mycobacterium intermedium
kondratuk.ks@kodomo:~/term2/pr8$ zcat UP000094976.swiss.gz | seqret -filter 'swiss::stdin:*[1:1]' | grep -v '^>' | sort| uniq -c
1 A
1 F
3 G
1 L
5657 M
1 R
3 V
1 W
Соответственно, метионин встречается чаще всего, но также присутствуют и другие аминокислоты. Возможны мутации с заменой 1 нуклеотида (у лейцина, аргинина и валина) или перестановкой двух нуклеотидов (у серина).