Выравнивание последовательностей

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	ACCD_ECOLI	ACCD_BACSU	597	41,3%	58,4%	36	7
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type	DEOD_ECOLI	DEOD_BACSU	692	56,1%	73,2%	6	3
Deferrochelatase	EFEB_ECOLI	EFEB_BACSU	661,5	36,4%	50,9%	45	15

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit beta	ACCD_ECOLI	ACCD_BACSU	614	48,5%	66,5%	5	3	85,2%	88,3%
Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type	DEOD_ECOLI	DEOD_BACSU	698	58,5%	76,0%	1	1	95,8%	97,9%
Deferrochelatase	EFEB_ECOLI	EFEB_BACSU	665,5	37,1%	52,1%	42	13	96,5%	95,0%

Локальное парное выравнивание неродственных белков

Выравнивание	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Needle	BLC_ECOLI	BSAA_BACSU	25	6,8%	11,2%	219	7	-	-
Water	BLC_ECOLI	BSAA_BACSU	35,5	27,3%	42,4%	13	4	37,3%	31,9%

Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Для данного задания были найдены белки с мнемоникой "EFEB", полное имя белков - "Deferrochelatase". Всего таких оказалось 14 штук. Далее были взяты : EFEB_ECOLI, EFEB_YERPS, EFEB_SHIFL, EFEB_SHIF8, EFEB_YERPE, EFEB_SHIBS.

С помощью программы Jalview было произведено выравнивание последовательностей белков (Web service -> Alignment -> Muscle with Defaults). Для упрощения восприятия была применена окраска Percentage Identity.

Хорошо выравнялись и являются гомологичными все белки, кроме EFEB_BACSU, т.к у них много длинных консервативных участков, и практически все промежутки между ними занимаются менее консервативными участками.

Ссылка на проект