С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-форму дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "gatc". Структура дуплекса в А-форме в файле gatc-a.pdb, структура дуплекса в В-форме в файле gatc-b.pdb, структура дуплекса в Z-форме в файле gatc-z.pdb
В сторону большой бороздки направлены атомы, выделенные красным : N3, C2, N1, C6, O6, N2. В сторону малой бороздки направлены атомы, выделенные синим : N9, C8, N7. Направление черных атомов определению не поддается.
Для Z-формы была использована структура из 1 задания, т.к 1tne слишком короткая для выполнения задания с бороздками.
Я скачала файл pdb со структурой тРНК 1f7v (Команды : wget "https://files.rcsb.org/download/1F7V.pdb" -O "1f7v.pdb" -> remediator --old ''1f7v.pdb'' > ''1f7v_old.pdb -> find_pair -t 1f7v_old.pdb stdout | analyze). 1f7v.out
Стебли : 901...907 - 972...966, 949...953 - 965...961, 939...944 - 931...926, 910...913 - 25...922
Неканонические взаимодействия : 901P-**--A972, 905]U-*---G968, 955P-**+-G917, 943A-**--P927, 944A-*---g926, 913C-**--C922.
Стабилизирующие водородные связи : 915]A-**+-U948, 918G-----C956