Сравнение megablast и blastn

В данном практикуме я произвела сравнение megablast и blastn по их выдаче карт локального сходства (DotPlot).
Поиск производился в базе данных ENA по запросу tax_tree(1763) AND description="chromosome".

Для сравнения я взяла Mycobacterium tuberculosis (CP023170.1) и Mycobacterium intracellulare (CP076381.2), а точнее их хромосомы.

Параметры megablast и blastn я оставила по умолчанию и получила следующие выдачи :

Я решила описывать выдачу blastn, т.к. она выглядит более информативной (и результаты выравнивания по процентам лучше), несмотря на множественные повторы (на самом деле, через них все хорошо просматривается, а megablast убрал как минимум одна важное место с дубликацией).

• Похоже, что геномы расположены параллельно ( если обратить внимание на конец 3800К), т.е бралась одна и та же цепь кольцевой ДНК бактерии, но ее разорвали в разных местах
• На участках 800-1500К и 2800-3900К произошли инверсии с траснслокацией, а также на них имели место делеции
• На участке 1500-2800К скорее всего происходили делеции - есть одна четко выраженная линия, а разрывы маленькие
• На blastn очень много повторов, образующих в таком количестве шум. Зато на blastn четче выражены участки сходства (у участка 800-900К отрастает "хвостик", похожий на дубликацию в позиции 950К - этого в megablast не видно
• blastn - Query Cover 74%, Per. Ident 75,79%
• megablast - Query Cover 45%, Per. Ident 89,45%

Хотя я брала организмы разных видов из одного рода, различия в геноме у них весьма существенные - тут есть и инверсии, и транслокации, и дупликации. Но схожесть все равно очевидна - можно догадаться, каким путем шло изменение генома.