Вторичная структура тРНК. Анализ НК-белкового комплекса
Задание 1
С помощью программы einverted из пакета EMBOSS были найдены инвертированные участки в нуклеотидной последовательности тРНК 1f7v.
Команды : echo "нуклеотидная последовательность тРНК" > rna.seq einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 10 -match 3 -mismatch -3 -outfile outfile -outseq seqout
В результате был найден один стебель, т.е данная программа не очень хорошо предсказывает вторичную структуру тРНК.
Далее я предсказала вторичную структуру тРНК по алгоритму Зукера
Задание 2
- Определите множество атомов кислорода 2'-дезоксирибозы.
- Определите множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты.
- Определите множество атомов азота в азотистых основаниях.
Скрипт-файл с заданием вышеупомянутых множеств.
Скрипт-файл, вызов которого в JMol дает последовательное (с паузами) изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов из списка выше.
- Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными атомы углерода, фосфора и серы.
- Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5Å.
- Назовем неполярным контактом пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5Å.
Скрипт-файлы с нахождением полярных и неполярных контактов между цепями белков A, B, H и ДНК (цепи U и T).
амк с нукплот