Нуклеотидные банки данных
Выбор генома
Канадская рысь (Lynx canadensis)
Огромная пушистая кошка с кисточками на ушах, что может быть лучше?
По бокам челюсти есть характерные бакенбарды, которые зимой образуют воротник вокруг шеи (рысь зимой тоже носит шарф :)).
Кончики ушей покрыты черными пучками меха. Короткий, обрезанный хвост с полностью черным кончиком (а я думала, что хвост должен быть...).
Рыси очень хорошо плавают - однажды проплыла 3,2 км через реку Юкон.
Охотится на зайцев-беляков. Рысь может разогнаться до 50 км/ч.
Диплоидный геном состоит из 38 хромосом.
Геном моей рыси я искала по ее латинскому названию Lynx canadensis. В результате получила две сборки - одна из них удовлетворяла всем условиям поиска :
- референсный геном
- качество сборки на уровне Chromosome
- есть аннотированные гены (RefSeq, GenBank)
Характеристики сборки генома
| Идентификатор GenBank | Идентификатор RefSeq | Общий размер генома | Scaffold N50 | Scaffold L50 | Contig N50 | Contig L50 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| GCA_007474595.2 | GCA_007474575.2 | 2.4 Gb | 147.3 Mb | 7 | 7.5 Mb | 94 |
В данной сборке содержится информация о 20 хромосомах (из 38, характерных для рыси)
Число контигов - 894
Число скаффолдов - 54
N50: Длина контига, для которого половина (50%) всех нуклеотидов сборки содержится в контигах такой и большей длины
L50: Число контигов (наименьшее), в которых содержится половина (50%) всех нуклеотидов сборки
Аналогично для скаффолда
Сборка генома, аннотация и предсказанные белковые последовательности канадской рыси
Скачанные файлы (сам файлы не прикрепляю, т.к они слишком большие и не хотят скачиваться на сервер:)):
- GCF_007474595.2_mLynCan4.pri.v2_genomic.fna.gz - нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA)
- GCF_007474595.2_mLynCan4.pri.v2_genomic.gbff.gz - последовательности генома с аннотацией (GBFF)
- GCF_007474595.2_mLynCan4.pri.v2_protein.faa.gz - последовательности белков (в формате FASTA)
А вот откуда я эти файлы скачала
Органеллы
Я решила посмотреть, если в данной сборке органеллы. Информация о них (при наличии) должна найтись в файле с последовательностью генома с аннотацией (GCF_007474595.2_mLynCan4.pri.v2_genomic.gbff.gz). К сожалению, в файле оказалась только последовательнось генома, т.е в данной сборке органелл нет.