В базе данных OPM был выбран следующий белок:
Type: Transmembrane
Class: Beta-barrel transmembrane (белки с β-листами в трансмембранной части)
Superfamily: Ligand-gated protein channels (лиганд-зависимые ионные каналы)
Family: Outer Membrane Receptor (OMR) (рецепторы внешней мембраны)
Species: Escherichia coli
Localization: Bacterial Gram-negative outer membrane
PDB: 2hdf
Uniprot: CIRA_ECOLI

Рецептор колицина I является TonB-зависимым транспортером, экспрессируемым E. coli для связывания и транспортировки Fe3+.
Также они служат для связывания колицинов, которые являются антибактериальными белками - это используется для подавления роста штаммов-конкурентов. Рецептор распознает колицин и связывается с ним, что позволяет колицину проникнуть в клетку-мишень.

OPM | DeepTMHMM
1 (164-173) | (167-175)
2 (184-192) | (183-191)
3 (199-208) | (201-208)
4 (235-243) | (235-243)
5 (250-258) | (251-258)
6 (275-283) | (276-282)
7 (288-296) | (289-297)
8 (315-323) | (316-323)
9 (330-338) | (330-339)
10 (362-371) | (362-370)
11 (376-384) | (376-385)
12 (395-403) | (394-404)
13 (408-415) | (408-415)
14 (455-463) | (455-461)
15 (471-477) | (471-479)
16 (531-538) | (530-537)
17 (543-550) | (544-551)
18 (573-579) | (572-580)
19 (587-593) | (588-595)
20 (615-624) | (614-621)
21 (627-634) | (627-637)
22 (655-662) | (654-661)

Реальная структура белка и предсказанная DeepTMHMM практически совпадают - все нужные β-тяжи присутсвуют. На 100% правильно предсказаны 4 и 13 участки, во всех остальных не совпадают верхние или нижние границы. Скорее всего, это происходит из-за погрешности предсказания структур.

Результаты DeepTMHMM

В базе данных OPM был выбран следующий белок:
Type: Transmembrane
Class: Alpha-helical polytopic
Superfamily: Choline/ethanolamine phosphotransferase
Family: Choline/ethanolamine phosphotransferase 1
Species: Archaeoglobus fulgidus
Localization: Archaebacterial membrane
PDB: 4o6m
Uniprot: O27985_ARCFU

Данный белок участвует в биосинтезе кислых фосфолипидов, которые являются критически важными компонентами клеточных мембран. Он функционируют как фермент, катализирующий перенос фосфатидильной группы от CDP-диацилглицерина к различным акцепторным молекулам.
Активность этих ферментов имеет решающее значение для структуры и функционирования клеточной мембраны, влияя на такие процессы, как морфология клетки, цитокинез и реакция на стресс.

OPM | DeepTMHMM
1 (175-194) | (177-194)
2 (198-217) | (198-213)
3 (233-255) | (236-256)
4 (260-280) | (260-279)
5 (301-314) | (297-314)
6 (317-337) | (319-337)

Из двух субъединиц я выбрала В-субъединицу, т.к она немного лучше совпадает с результатами работы DeepTMHMM.
Для α-спирального белка также результаты работы программы хорошие. Были найдены все мембранные участки, но точных совпадений нет ни для одного - у всех немного отличаются верхние/нижние границы.

Результаты DeepTMHMM