Я выбрала семейство WW domain (PF00397). В seed больше 20 последовательностей, структур в базе много (≥3).
Таблица 11-1. Краткое описание семейства
| Поле | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| AC pfam | PF00397 | версия семейства PF00397.33 |
| ID / Name | WW / WW domain | |
| #SEED | 420 | по строке #=GF SQ в Stockholm seed |
| #All (proteins) | ~86 794 | по счётчикам InterPro (matches ~144 к) |
| #SW | 189 | белки Swiss-Prot / reviewed |
| #architectures | 2327 | очень много контекстов: WW часто «модуль» в крупных белках |
| #3D | 312 | структуры в InterPro |
| Taxonomy | преимущественно эукариоты | ~9320 таксонов; домен типичен для эукариотической сигнализации |
WW — маленький белковый модуль (около 35–40 а.о.) с двумя почти абсолютно консервативными триптофанами (отсюда название). Он узнаёт пролин-богатые мотивы партнёров и работает как «липучка» белок–белок взаимодействий в сигнальных путях. По 3D это компактный антипараллельный β-лист; на одной стороне поверхности как раз сидят те самые Trp и соседние ароматические остатки, важные для связывания лиганда.
Доменных архитектур тысячи: WW встречается и в одиночку (как у PIN1 вместе с пролил-изомеразой), и пачками (как несколько WW у убиквитин-лигаз семейства NEDD4 рядом с HECT-доменом). Интересно, что сам модуль короткий и узнаваемый, а «соседи» по цепи задают биологическую роль белка.
Seed-выравнивание я скачала из InterPro (Stockholm, PF00397_seed.sto; также PF00397_seed.fasta). Длина выравнивания — 39 колонок, 420 последовательностей.
Таблица 11-2. Блоки seed-выравнивания
| Пункт задания | Колонки | Комментарий |
|---|---|---|
| Максимальный достоверный блок со фрагментами из всех последовательностей | 1–5 (консенсус LPPGW) | Во всех 420 последовательностях колонки заполнены; средняя доля совпадений с консенсусом ~0.58. Особенно надёжен W в колонке 5 (идентичность ~0.99) — первый «фирменный» триптофан WW. |
| Дополнительно: ещё один блок со всеми последовательностями | 21–25 (VYYYN) | Второй устойчивый участок ядра: два тирозина в колонках 22–23 (~0.79). Вместе с блоком 1–5 и конечным W36 / P39 это и есть узнаваемый «каркас» домена. |
| Блок / участок, где участвуют не все последовательности одинаково надёжно | 6–12 | Сразу после первого Trp много гэпов и низкой согласованности: часть seed-последовательностей здесь «рвётся» вставками/делециями. Это уже не общий для всех плотный блок, а зона вариабельной петли между консервативными элементами. |
| Участок, где нет оснований считать, что выравнивание отражает ход эволюции | 14–18 и снова 29–33 | Высокая доля гэпов и/или низкая идентичность среди присутствующих букв: колонки выглядят скорее как выравнивание «по длине», чем как позиционно гомологичные сайты. На таких отрезках нельзя уверенно говорить о общих предковых остатках. |
Проект Jalview с тремя View (для пунктов таблицы): импортируйте
PF00397_seed.fasta
(File → Open), затем View → New View для каждого пункта и сохраните
проект локально, если нужен файл .jvp.
| Доменная архитектура 1 | PF00397-PF00639 |
| Белок с архитектурой 1 | Q13526 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase NIMA-interacting 1 |
| Доменная архитектура 2 | PF00397-PF00397-PF00397-PF00397-PF00632 |
| Белок с архитектурой 2 | P46934 E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4 |
На карте локального сходства видно несколько параллельных диагональных фрагментов: это повторяющиеся домены WW. Один и тот же короткий участок последовательности находит сходство в нескольких местах второй последовательности, что соответствует нескольким копиям WW в доменной архитектуре.