• Второй семестр
• Семестры
• Главная страница

Результаты работы со структурой 2J9B
(Cytochrome c')

Структура в целом

Макромалекула представлена белком. В структуре присутствуют две полимерные цепи, идентичные по последовательности. Биологическая единица состоит из двух цепей белка — A и B.

Общий вид структуры белка 2J9B
Рис. 1. Общий вид структуры белка Cytochrome c' (PDB: 2J9B).

Отдельные цепи

Данный белок был выделен из бактерии Rubrivivax gelatinosus. Цепь соответствует записи P00142 в базе UniProt и носит название Cytochrome c'. Функция белка неизвестна, однако он относится к высокоспиновым белкам, а его гем не имеет шестого лиганда.

Согласно описанию структуры в базе RCSB PDB, мутации в данной последовательности относительно референса из UniProt отсутствуют. Модифицированные аминокислотные остатки в составе цепи также не обнаружены.

Вторичная структура белка 2J9B, альфа-спирали
Рис. 2. Структура белка с выделенными элементами вторичной структуры. В структуре присутствуют α-спирали.

Малые молекулы

В записи присутствует малая молекула HEC — HEME C. Соответствующие строки из файла PDB сохранены в 2J9B_SMALL.pdb.

Взаимодействия в структуре

Водородная связь, затрагивающая атомы остова белка

Водородные связи остова в структуре 2J9B
Рис. 3. Водородные связи атомов остова белка.

Водородная связь, затрагивающая атомы боковых радикалов аминокислот

Водородная связь бокового радикала в структуре 2J9B
Рис. 4. Водородная связь атомов бокового радикала.

Солевой мостик

Солевой мостик в структуре 2J9B
Рис. 5. Солевой мостик в структуре Cytochrome c'.

Дисульфидная связь

Дисульфидный мостик между цепями пептида отсутствует.

Отсутствие дисульфидного мостика между цепями пептида
Рис. 6. Отсутствие дисульфидного мостика между цепями пептида.

При этом в структуре есть дисульфидные мостики с HEC.

Дисульфидные мостики с HECA в структуре 2J9B
Рис. 7. Дисульфидные мостики с HEC.

Стекинг

Стекинг в структуре 2J9B
Рис. 8. Стекинг-взаимодействие в структуре Cytochrome c'.