Описание структуры ацетоацетат декарбоксилазы из Methanoculleus marisnigri

Общее описание

ХИХИХИХА
Структура белка, разными цветами показаны 4 разные полипептидные цепи
  1. Представленная макромалекула является белком
  2. В полимерной структуре присутствует 4 идентичные полипептидные цепи
  3. Биологическая единица состоит из 4 идентичных полипептидных цепей, в них преобладают бета-слои

Описание отдельных цепей

Цепь 1

  1. Данная макромолекула относится к архее Methanoculleus marisnigri
  2. UniProt id- A3CUL0, название- ацетоацетат декарбоксилаза, данный фермент выполняет карбокси-лиазную функцию
  3. Мутаций нет
  4. В составе полипептидной цепи несколько раз встречается модифицированная аминокислота- селенометионин. Ссылка на файл pdb, включающий эти аминокислотные остатки
ХИХИХИХА
ХИХИХИХА
Структура белка, вид спереди (левое изображение) и вид сбоку (правое изображение). Разными цветами показаны разные элементы вторичной структуры: голубым- альфа-спирали, красным- бета-слои, фиолетовым- петли. Зеленым цветом показаны малые молекулы.

Малые молекулы

ХИХИХИХА
Окружение малой молекулы P33 (голубая)
  1. В записи присутствуют 7 малых молекул
    • Вода (Water, HOH)
    • Ионы натрия(Sodium ions, Na)
    • Ионы хлора (Chloride ions, Cl)
    • 3,6,9,12,15,18-Гексаоксаикозан-1,20-диол (3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL, P33)
    • Дигедроксиэтиловый эфир (DI(HYDROXYETHYL)ETHER, PEG)
    • 3,6,9,12,15,18,21-Гептаоксатрикозан-1,23-диол (3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL, PE8)
    • Гептаэтиленгликоль (HEPTAETHYLENE GLYCOL, PEG330)
  2. Ссылка на файл pdb, включающий эти малые молекулы

Внутримолекулярные взаимодействия

В данном разделе номера аминокислот подписаны на рисунках, используя трехбуквенные обозначения и порядковый номер в цепи. Взаимодействия показаны желтым или синим пунктиром. Длина связи в ангстремах подписана на связи. Зеленым показаны атомы углерода, синим- азота, красным- кислорода, белым- водорода.
ХИХИХИХА
ХИХИХИХА
Водородные связи в белке. Левое изображение- водородные связи, затрагивающие атомы боковых радикалов аминокислот (в данном случае двух глутаминов). Правое изображение- водородные связи, затрагивающие атомы остова белка (обеспечивают образование альфа-спирали).
ХИХИХИХА
ХИХИХИХА
Левое изображение- солевой мостик между аспарагиновой кислотой и аргинином. Правое изображение- стекинг между тремя ароматическими аминокислотами- триптофаном и двумя фенилаланинами.

Дисульфидные мостики отсутствуют, так как в данном белке нет цистеинов.