Описание структуры ацетоацетат декарбоксилазы из Methanoculleus marisnigri
Общее описание

Структура белка, разными цветами показаны 4 разные полипептидные цепи
- Представленная макромалекула является белком
- В полимерной структуре присутствует 4 идентичные полипептидные цепи
- Биологическая единица состоит из 4 идентичных полипептидных цепей, в них преобладают бета-слои
Описание отдельных цепей
Цепь 1
- Данная макромолекула относится к архее Methanoculleus marisnigri
- UniProt id- A3CUL0, название- ацетоацетат декарбоксилаза, данный фермент выполняет карбокси-лиазную функцию
- Мутаций нет
- В составе полипептидной цепи несколько раз встречается модифицированная аминокислота- селенометионин. Ссылка на файл pdb, включающий эти аминокислотные остатки


Структура белка, вид спереди (левое изображение) и вид сбоку (правое изображение). Разными цветами показаны разные элементы вторичной структуры: голубым- альфа-спирали, красным- бета-слои, фиолетовым- петли. Зеленым цветом показаны малые молекулы.
Малые молекулы

Окружение малой молекулы P33 (голубая)
- В записи присутствуют 7 малых молекул
- Вода (Water, HOH)
- Ионы натрия(Sodium ions, Na)
- Ионы хлора (Chloride ions, Cl)
- 3,6,9,12,15,18-Гексаоксаикозан-1,20-диол (3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL, P33)
- Дигедроксиэтиловый эфир (DI(HYDROXYETHYL)ETHER, PEG)
- 3,6,9,12,15,18,21-Гептаоксатрикозан-1,23-диол (3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL, PE8)
- Гептаэтиленгликоль (HEPTAETHYLENE GLYCOL, PEG330)
- Ссылка на файл pdb, включающий эти малые молекулы
Внутримолекулярные взаимодействия


Водородные связи в белке. Левое изображение- водородные связи, затрагивающие атомы боковых радикалов аминокислот (в данном случае двух глутаминов). Правое изображение- водородные связи, затрагивающие атомы остова белка (обеспечивают образование альфа-спирали).


Левое изображение- солевой мостик между аспарагиновой кислотой и аргинином. Правое изображение- стекинг между тремя ароматическими аминокислотами- триптофаном и двумя фенилаланинами.
Дисульфидные мостики отсутствуют, так как в данном белке нет цистеинов.