Рисование нуклеотидов с помощью MarvinSketch

Задание 3

Мое азотистое основание- тимин. Сначала я составил все пары с двумя водородными связями.Все возможные пары вы можете увидеть в данном файле. Гипотетически, все они возможны, хотя в некоторых ориентациях скорее будет формироваться 3 водородных связи, например: 3 и 4 пара T-G.

Затем я составил все пары с тремя водородными связями.

Скорее всего, три устойчивые водородные связи будут формироваться только в паре T-G, т.к. у остальных азотистых оснований слишком большое расстояние между крайними донорным и акцепторным атомом.

В случае рассмотрения нуклеотидов, а не азотистых оснований, невозможны станут связи с участием атома азота, формирующего N-гликозидную связь. Он не сможет быть донором, т.к. потеряет свой водород для формирования N-гликозидной связи; он не сможет быть акцептором, т.к. остаток сахара будет стерически ему мешать.