Построение филогенетического дерева

Выбор бактерий

Для построения дерева я выбрал 7 видов бактерий, их названия и расшифровки вы можете увидеть в таблице ниже.

**Таблица 1.** Названия бактерий
Вид бактерии	Мнемоника
Acidiphilium cryptum	ACICJ
Agrobacterium fabrum	AGRFC
Paracoccus denitrificans	PARDP
Yersinia pestis	YERPE
Shewanella denitrificans	SHEDO
Polynucleobacter asymbioticus	POLAQ
Haemophilus influenzae	HAEIN

Дерево

Пользуясь приведенным ниже древом (слева, Рис. 1), я составил филогенетическое древо перечисленных выше семи видов (справа, Рис. 2)

Рис. 1 Филогенетическое дерево некоторых видов бактерий

Рис. 2 Филогенетическое дерево выбранных мной семи выдов бактерий

Скобочная формула

((((YERPE, HAEIN), SHEDO), POLAQ), (ACICJ, (PARDP, AGRFC)))

Ветви

{YERPE, HAEIN} vs {SHEDO, POLAQ, ACICJ, PARDP, AGRFC}
{YERPE, HAEIN, SHEDO} vs {ACICJ, POLAQ, PARDP, AGRFC}
{YERPE, HAEIN, SHEDO, POLAQ} vs {ACICJ, PARDP, AGRFC}
{YERPE, HAEIN, ACICJ, POLAQ, SHEDO} vs {PARDP, AGRFC}

Таксоны бактерий

**Таблица 2.** Классификация бактерий
Мнемоника	Вид бактерии	Род	Семейство	Отряд	Класс	Филум
ACICJ	Acidiphilium cryptum	Acidiphilium	Acetobacteraceae	Rhodospirillales	Alphaproteobacteria	Pseudomonadota
AGRFC	Agrobacterium fabrum	Agrobacterium	Rhizobiaceae	Hyphomicrobiales	Alphaproteobacteria	Pseudomonadota
PARDP	Paracoccus denitrificans	Paracoccus	Paracoccaceae	Rhodobacterales	Alphaproteobacteria	Pseudomonadota
POLAQ	Polynucleobacter asymbioticus	Polynucleobacter	Burkholderiaceae	Burkholderiales	Betaproteobacteria	Pseudomonadota
SHEDO	Shewanella denitrificans	Shewanella	Shewanellaceae	Alteromonadales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota
HAEIN	Haemophilus influenzae	Haemophilus	Pasteurellaceae	Pasteurellales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota
YERPE	Yersinia pestis	Yersinia	Yersiniaceae	Enterobacterales	Gammaproteobacteria	Pseudomonadota

Как мы видим, все выбранные бактерии принадлежат филуму Pseudomonadota. ACICJ, AGRFC и PARDP все принадлежат классу Alphaproteobacteria. POLAQ принадлежит классу Betaproteobacteria, который является сестринским к классу Gammaproteobacteria, к которому относятся все оставшиеся бактерии: SHEDO, HAEIN и YERPE. Среди выбранный бактерий нет двух таких, которые бы относились к одному отряду

Названия ветвей:

{YERPE, HAEIN, SHEDO}- Gammaproteobacteria
{YERPE, HAEIN, SHEDO, POLAQ}- Gammaproteobacteria и Betaproteobacteria
{ACICJ, PARDP, AGRFC}- Alphaproteobacteria