Описание малой цепи карбоксилазы бисфосфата рибулозы из генома бактерии Halothiobacillus neapolitanus strain ATCC 23641/c2.

Поиск информации о белке бактерии по данному индефикатору и запись в таблицу ниже.

Информация о белке

По предложенному идентификатору я нашел свой белок в базе данных NCBI. Полученная из NCBI и Uniprot информации о белке представлена в Таблице 1.

Таблица 1. Описание малой цепи карбоксилазы бисфосфата рибулозы из генома бактерии Halothiobacillus neapolitanus strain ATCC 23641/c2.
Идентификатор белка ACX95764.1
Идентификатор генома CP001801
Название белка Ribulose bisphosphate carboxylase small chain
Координаты гена в геноме 989489..989821
Длина гена (п.н.) 333
Цепь Обратная
Длина белка (а.о.) 110

Последовательность генома бактерии была скачана с сайта NCBI в формате gb, из которой я выделил последовательность аминокислот в формате fasta. Скачать файл fasta

Белок катализирует 2 реакции: карбоксилирование бифосфат D-рибулозы 1,5 и фиксирование углекислого газа.Белок меньше в несколько раз по сравнению со своими соседями по коду в геноме

Откуда данные?

Информация о геномном окружении была получена с помощью геномного браузера NCBI в режиме просмотра рамок считывания. Полученные данные приведены на рисунке 1.

информативная картинка с геномным окружением
Рисунок 1. Геномное окружение гена белка малой цепи карбоксилазы бисфосфата рибулозы (ACX95764.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI.

Было интересно поработать с базой данных NCBI, начало моим злоключениям положено.