Поиск информации о белке бактерии по данному индефикатору и запись в таблицу ниже.
Информация о белке
По предложенному идентификатору я нашел свой белок в базе данных NCBI. Полученная из NCBI и Uniprot информации о белке представлена в Таблице 1.
Идентификатор белка | ACX95764.1 |
---|---|
Идентификатор генома | CP001801 |
Название белка | Ribulose bisphosphate carboxylase small chain |
Координаты гена в геноме | 989489..989821 |
Длина гена (п.н.) | 333 |
Цепь | Обратная |
Длина белка (а.о.) | 110 |
Последовательность генома бактерии была скачана с сайта NCBI в формате gb, из которой я выделил последовательность аминокислот в формате fasta. Скачать файл fasta
Белок катализирует 2 реакции: карбоксилирование бифосфат D-рибулозы 1,5 и фиксирование углекислого газа.Белок меньше в несколько раз по сравнению со своими соседями по коду в геноме
Откуда данные?
Информация о геномном окружении была получена с помощью геномного браузера NCBI в режиме просмотра рамок считывания. Полученные данные приведены на рисунке 1.
![информативная картинка с геномным окружением](genome.jpg)
Было интересно поработать с базой данных NCBI, начало моим злоключениям положено.