Строение молекулы в Jmol

5TNV

3D модель молекулы белка в Jmol

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре

Альфа-спираль

1

N(70ARG)-O(66ILE)

2.81

159.86

2

N(68GLU)-O(64SER)

3.07

156.93

3

N(71THR)-O(67GLU)

3.06

156.80

Бета-тяжи

1

N(248SER)-O(239ASP)

2.92

160.38

2

N(237SER)-O(250ALA)

3.41

150.42

3

N(241ASP)-O(246ALA)

2.89

149.97

Дополнительная информация

Изомеразо ксилозо подобный белок был выделен из Mycobacterium smegmatis. Род Mycobacterium включает в себя множество патогенных организмов, в том числе Mycobacterium tuberculosis, поэтому в силу низкой патогенности smegmatis их часто используют в исследованиях рода Mycobacterium.[1] Рассматриваемый фермент отвечает за замедление процесса синтеза микотиола, который служит буфером для тиола, а он в свою очередь защищает бактерию от активных форм кислорода, азота и антибиотиков.[2]

Результаты измерений

Среднее значение длины связи водородной связи в альфа-спирали составляет 2.98Å, а в бета-листе - 3.07Å. Оба значения являются допустимыми, то есть находятся в пределах 2.5-3.2Å. Среднее значение углов (N-H-O) в альфа-спирали составляет 157.86°, а в бета-листе 153.59°. Углы также попадают в средние значения 130-180°.[3]

Ссылки и литература

Mycolicibacterium smegmatis, Basonym Mycobacterium smegmatis, Expresses Morphological Phenotypes Much More Similar to Escherichia coli Than Mycobacterium tuberculosis in Quantitative Structome Analysis and CryoTEM Examination [1]

Biosynthesis and Functions of Mycothiol, the Unique Protective Thiol of Actinobacteria [2]

Professor David A. Evans group seminar on Noncovalent interactions: An Introduction to Hydrogen Bonding [3]

Скачать скрипт