Выравнивания

Сравните выравнивания гомологичных белков и негомологичных белков

Скачать таблицу

Как отличить гомологичные белки от негомологичных исходя из параметров, выдаваемых needle и water?
1) Score
Как правило, у негомологичных белков он не превышает 100. Решающий, на мой взгляд, параметр.
2) Identity
У негомологичных белков не бывает сильно больше(больше чем на 3) 20%.
3 ) Similarity
Негомологичные выравнивания чаше всего не имеют сильно выше(больше чем на 3) 40%
4) Gap symbols
В глобальных выравниваниях это маркер для негомологичных последовательностей: такие выравнивания обязательно будут иметь несколько сотен гепов.
5) Indels
Индели дают представление о количестве групп гепов, ао ним трудно отличить гомолога от негомолога.
6) Coverage
У гомологичных последовательнастях, особенно в локальных выравниваниях стремиться к 100%, в то время как у негомологичных обычно меньше 50%.

Сравнение выравниваний

Выбор белков

Для множественных выравниваний были выбраны следущие белки:
sw:SUCC_ERYLH
sw:SUCC_FLAPJ
sw:SUCC_SALTO
sw:SUCC_TOLAT
sw:SUCC_PASMU
sw:SUCC_RHORT
Я выбрал 2 первые последовательности из-за большего числа идентичных коллонок в них.

Множественное выравнивание

Множественное выравнивание 1

Множественное выравнивание

Множественное выравнивание 2

Сравнение

Сверху вниз:
needle-выравнивание
water-выравнивание
кусок множественного выравнивания
1) needle- и water-выравнивания(nw) практически идентичны, разве что у water нет двух аланинов на конце.
2) У куска множественного выравнивания(км) имеются серьезные отличия от nw:
2.1) С 43 по 47 аминокислоты у ERYLH в nw наблюдается гэп, которого нет у км, из-за чего вся последовательность км "съезжает"(аминокислоты, которые делицируют в nw гомологичны у км другим аминокислотам:(47)AQIH(50) гомолгичен YVVK, вместо полного соответствия как в nw).
2.2) С 62 по 71 гэп у FLAPJ в nw, в то время как в км гэп сразу в обоих последовательностях, который не соответствует гэпу в nw, например, в w 66 лизин делицировал, а в км он 72 гомологичен глицину.
2.3) С 115 по 119 гэп у ERYLH, а в км гэпа нет(вместо делеции этого участка он становится гомологичен другим аминокисотам(аналогично пункту 2.2).

Сравнение выравниваний

Сравнение выравниваний 1

Сравнение выравниваний

Сравнение выравниваний 2