Практикум посвящен поиску информации о белках с помощью Uniprot
Из базы Uniprot были взяты данные о белке, а также все ссылки на другие базы данных и занесены в Таблицу 1.
Основная информация о белке RBS_HALNC из UniProt. | |
| UniProt ID | RBS_HALNC |
|---|---|
| UniProt AC | P45686 D0KZ91 |
| Рекомендуемое название белка | Ribulose bisphosphate carboxylase small chain |
| Краткое название белка | RuBisCO small subunit |
| RefSeq ID | WP_012823800.1 NC_013422.1 |
| PDB ID | 1SVD |
| Длина белка (а.о.) | 110 |
| Молекулярная масса | 12855 |
Структура представлена 1 маленькой цепью, подобные структуры принадлежат к семейству цепей small RuBisCO. Структура белка известна полностью.
Анализы кластеров представлены в Таблице 2.
Кластеры UniRef, содержащие белок RBS_HALNC. | |||
| Раздел UniRef | ID кластера | Название кластера | Размер кластера |
|---|---|---|---|
| UniRef50 | UniRef50_P22850 | Ribulose bisphosphate carboxylase small chain 1 | 530 |
| UniRef90 | UniRef90_P45686 | Ribulose bisphosphate carboxylase small chain | 5 |
| UniRef100 | UniRef100_P45686 | Ribulose bisphosphate carboxylase small chain | 3 |
В 100%-ом кластере 3 совпадения и все они представляют собой маленькие цепи белка RuBisCO, который находится у Halothiobacillus sp. в карбоксисомах и необходим для фиксации углекислого газа. То же самое и для 5-ти белков в 90%-ом кластере: белок RuBisCO у этой группы бактерий. Для 50%-ый кластер более разнообразный: 530 совпадений, которые являются разными изомерными или укороченными формами уже известного белка у всевозможных видов бактерий.
Для знакомства с синтаксисом запросов в UniProt были проведены следующие сеансы поиска.
Текст запроса: name:"rubisco small subunit"
Количество находок в Swiss-Prot: 155
Общее количество находок: 232
Текст запроса: name:"rubisco small subunit" organism:"halothiobacillus neapolitanus"
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
Текст запроса: name:"rubisco small subunit" taxonomy:halothiobacillaceae
Количество находок в Swiss-Prot: 1
Общее количество находок: 1
Текст запроса: name:"rubisco small subunit" taxonomy:proteobacteria
Количество находок в Swiss-Prot: 19
Общее количество находок: 53
Текст запроса: name:actin
Количество находок в Swiss-Prot: 1,182
Общее количество находок: 84,497
Текст запроса: name:actin taxonomy:arthropoda
Количество находок в Swiss-Prot: 62
Общее количество находок: 7919
Текст запроса: name:actin taxonomy:fungi
Количество находок в Swiss-Prot: 215
Общее количество находок: 32192
Текст запроса: name:trypsin
Количество находок в Swiss-Prot: 312
Общее количество находок: 23,018
Текст запроса: name:trypsin NOT name:inhibitor
Количество находок в Swiss-Prot: 101
Общее количество находок: 18,270
Бактерия: белок, не смотря на свою специфичность встречается в нескольких отделах у разных групп этих отделов.
Актин: довольно странно, что данных об актине грибов оказалось так много, даже больше, чем у членистоногих.
Трипсин: приличную долю данных относительно фермента занимает его ингибитор, что подтверждает важность ингибирования трипсина.