Рисунок 1. Окрестность гена CCDC148 из Genome Browser с избранными треками.
Информация о гене Coiled-coil domain-containing protein 148 | |
| Характеристика | Значение/Описание |
|---|---|
| Имя гена | CCDC148 |
| Идентификатор гена в Gencode | ENSG00000153237 |
| Хромосома | 2 |
| Плечо и полоса хромосомы | q24.1 |
| Хромосома | 2 |
| Число альтернативных транскриптов | 3 |
| Gencode ID первого транскрипта | ENST00000409889.1 |
| Координаты первого транскрипта | hg38 chr2:158,338,593-158,456,702 |
| Число экзонов первого транскрипта | 7(все кодирующие) |
| Длина последовательности белка первого транскрипта | 255 | Gencode ID второго транскрипта | ENST00000283233.10 |
| Координаты второго транскрипта | hg38 chr2:158,171,073-158,456,753 |
| Число экзонов второго транскрипта | 14(все кодирующие) |
| Длина последовательности белка второго транскрипта | 591 | Gencode ID третьего транскрипта | ENST00000409187.5 |
| Координаты третьего транскрипта | hg38 chr2:158,171,544-158,380,960 |
| Число экзонов третьего транскрипта | 15(14 кодирующих) |
| Длина последовательности белка третьего транскрипта | 600 |
Рисунок 1. Окрестность гена CCDC148 из Genome Browser с избранными треками.
Информация о выравнивании гена CCDC148 человека и шимпанзе | ||||
| Name | Sequence Length | Aligned Length | Gap Length | Difference |
|---|---|---|---|---|
| homo_sapiens_1-288002 | 286881 | 288002 | 1121 | 0 |
| pan_troglodytes_1-288002 | 285389 | 288002 | 2613 | 4026 |
При помощи Ensembl, опции в меню слева "Comparative Genomics", было построенно выравнивание гена CCDC148 человека и шимпанзе. При помощи команды infoalign была получена информация, представленная в таблице 2.
Процент различий составил 1,4. Немного выше среднего процента различий по всему геному 1,23%(Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome. Nature, 437, pages 69–87(2005) doi:10.1038/nature04072)