Цитозин. Красные атомы обращены в сторону большой бороздки, синие - в сторону малой.
Цитозин в структуре ДНК.
С помощью 3DNA, а конкретно команды "fiber -h" были созданы структуры ДНК, которые можно скачать по ссылкам ниже.
Скачать файл с B-формой ДНК
Скачать файл с A-формой ДНК
Скачать файл с Z-формой ДНК
Результаты сравнения приведены в таблице 1.
Форма ДНК | ||||
| A-форма | Z-форма | B-форма | B-форма (эксп) | |
|---|---|---|---|---|
| Тип спирали (правая или левая) | правая | левая | правая | правая |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 43.5 | 33.75 | 36.67 |
| Число оснований на виток | 11 | 12 | 10 | 10 |
| Ширина большой бороздки | 16.81 [DC]32:B.P #638 - [DT]11:A.P #208 | 29.5 [DC]28:B.P #556 - [DG]7:A.P #124 | 17.21 [DG]1:A.P #1 - [DG]37:B.P #739 | 17.75 [DG]14:B.P #261 - [DC]9:A.P #162 |
| Ширина малой бороздки | 7.98 [DG]21:B.P #411 - [DA]14:A.P #269 | 14.37 [DC]40:B.P #802 - [DG]7:A.P #124 | 11.69 [DT]11:A.P #208 - [DA]34:B.P #679 | 14.53 [DG]24:B.P #466 - [DC]3:A.P #39 |
В сторону большой бороздки обращены атомы: с9.c4, с9.c5, с9.c6, с9.n4
В сторону малой бороздки обращены атомы: с9.n1, с9.n3, с9.c2, c9.o2
Цитозин. Красные атомы обращены в сторону большой бороздки, синие - в сторону малой.
Цитозин в структуре ДНК.
Торсионные углы быои получены из .out - файла с помощью команды analyze. тРНК pdb id = 1f7v. Все значения были посчитаны при помощи Exel.
Из таблицы можно сделать вывод, что тРНК больше похожа на A-форму из-за большего число примерно одинаковых углов по сравнению с B-формой.
Торсионные углы | |||||||
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| tRNA 1 string | -56.68 | 2.85 | 44.13 | 90.72 | -146.11 | -62.82 | -131.677 |
| tRNA 2 string | -36.03 | 19.92 | 54.30 | 88.74 | -147.28 | -73.22 | -156.79 |
| A-form | -51.7 | 174.8 | 41.7 | 79.1 | -147.8 | -75.1 | -157.2 |
| B-form | -29.9 | 136.3 | 31.2 | 143.4 | -140.8 | -160.5 | -98.0 |
Данные опять же получены из out-файла.
Красным и зеленым обозначены стебли.
Жирным выделены неканоничные пары.
Желтым пары, обеспечивающие дополнительную стабилизацию.
В круглых скобках координаты нуклеотида. "B: .XXX" - его номер.
1 (0.043) ....>B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B<.... (0.002) |
2 (0.002) ....>B:.902_:[..U]U-----A[..A]:.971_:B<.... (0.004) |
3 (0.004) ....>B:.903_:[..C]C-----G[..G]:.970_:B<.... (0.004) |
4 (0.005) ....>B:.904_:[..C]C-----G[..G]:.969_:B<.... (0.004) |
5 (0.003) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.008) |
6 (0.003) ....>B:.906_:[..C]C-----G[..G]:.967_:B<.... (0.011) |
7 (0.004) ....>B:.907_:[..G]G-----C[..C]:.966_:B<.... (0.004) |
8 (0.013) ....>B:.949_:[5MC]c-----G[..G]:.965_:B<.... (0.005) |
9 (0.004) ....>B:.950_:[..C]C-----G[..G]:.964_:B<.... (0.007) |
10 (0.006) ....>B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B<.... (0.005) |
11 (0.010) ....>B:.952_:[..G]G-----C[..C]:.962_:B<.... (0.006) |
12 (0.010) ....>B:.953_:[..G]G-----C[..C]:.961_:B<.... (0.004) |
13 (0.005) ....>B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B<.... (0.009) |
14 (0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.009) x
15 (0.008) ....>B:.939_:[..C]C-----G[..G]:.931_:B<.... (0.010) |
16 (0.003) ....>B:.940_:[..C]C-----G[..G]:.930_:B<.... (0.007) |
17 (0.006) ....>B:.941_:[..A]A-----U[..U]:.929_:B<.... (0.005) |
18 (0.010) ....>B:.942_:[..G]G-----C[..C]:.928_:B<.... (0.004) |
19 (0.003) ....>B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B<.... (0.044) |
20 (0.008) ....>B:.944_:[..A]A-*---g[M2G]:.926_:B<.... (0.013) |
21 (0.007) ....>B:.910_:[2MG]g-----C[..C]:.925_:B<.... (0.008) |
22 (0.003) ....>B:.911_:[..C]C-----G[..G]:.924_:B<.... (0.010) |
23 (0.004) ....>B:.912_:[..C]C-----G[..G]:.923_:B<.... (0.012) |
24 (0.010) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.005) |
25 (0.003) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004) |
26 (0.005) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.006) x
27 (0.010) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.003) +